结论：持有公司股份的副总经理辞职后，其持有的股票是否可以卖，需根据股票性质、公司章程及相关协议约定、法律法规限制等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、股票性质
如果是上市公司股票：
- 上市公司股票通常可以在证券交易所自由买卖，但需遵守证券法律法规关于内幕交易、信息披露等方面的规定。
- 副总经理作为公司高级管理人员，在辞职后一定期限内（如半年或一年，具体根据法律法规及公司规定）可能受到股票交易限制，以防止其利用未公开信息谋取私利。
如果是非上市公司股票（如有限责任公司或未上市的股份有限公司）：
- 非上市公司股票的转让通常受到公司章程、股东协议等内部规定的限制。
- 副总经理辞职后，其持有的股票转让需遵循公司章程及股东协议中的相关规定，可能包括转让条件、转让程序、优先购买权等。
二、公司章程及相关协议约定
- 公司章程：公司章程是公司治理的基本文件，其中可能包含关于股东转让股权的具体规定。副总经理辞职后，其持有的股票转让需符合公司章程的约定。
- 股东协议：如果副总经理与其他股东签订了股东协议，协议中可能对股权转让有特别约定，如转让条件、转让价格、转让方式等。副总经理需遵守这些约定。
三、法律法规限制
- 证券法：对于上市公司，证券法规定了严格的股票交易规则，包括内幕交易、信息披露、短线交易等方面的限制。副总经理作为内幕信息知情人，需遵守这些规定。
- 公司法：公司法规定了公司股权转让的基本原则和程序，如股东之间可以相互转让其全部或者部分股权，但需遵循公司章程的规定。对于非上市公司，公司法还规定了股东向股东以外的人转让股权时，其他股东享有优先购买权等。
- 其他法规：如反不正当竞争法、反垄断法等，也可能对股票转让产生一定影响，特别是在涉及公司控制权变更或市场垄断等情况下。
四、实际操作建议
- 查阅公司章程及股东协议：副总经理在辞职前应仔细查阅公司章程及股东协议，了解其中关于股权转让的具体规定。
- 咨询公司法务或专业律师：由于股权转让涉及复杂的法律问题，副总经理在辞职后如需转让其持有的股票，建议咨询公司法务或专业律师，以确保转让行为合法合规。
- 遵守法律法规及公司规定：在转让股票时，副总经理需严格遵守证券法、公司法等相关法律法规及公司章程、股东协议等内部规定，避免因违规操作而引发法律纠纷。
总结：持有公司股份的副总经理辞职后，其持有的股票是否可以卖并非一概而论，而是需根据股票性质、公司章程及相关协议约定、法律法规限制等多方面因素综合判断。如有具体法律问题，可直接向我咨询。