结论：农民工工资专用账户扣年费360元是否合理，需分情况讨论，关键看开户银行是否违反了“不得收取费用”的强制性规定或双方约定。以下从法律强制性规定、合同约定、银行收费依据三个角度展开分析：
1. 若账户属于“农民工工资专用账户”，且无特殊约定，银行收取年费可能违反强制性规定
根据《保障农民工工资支付条例》第三十一条规定：“工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。分包单位应当按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，与当月工程进度等情况一并交施工总承包单位。施工总承包单位根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。”
同时，该条例未明确允许银行对专用账户收取年费，且从立法目的看，专用账户的核心功能是保障工资专款专用、避免被挪用，若允许银行收费，可能削弱对农民工权益的保护。因此，若银行未与开户单位（如施工总承包单位）明确约定收费条款，直接扣收年费可能涉嫌违规。
2. 若开户时双方明确约定了年费，且不违反法律强制性规定，则收费可能合理
银行与开户单位（如施工总承包单位）作为平等民事主体，可通过合同约定账户管理费用。若开户协议中明确写明“农民工工资专用账户需收取年费360元”，且该条款不违反《保障农民工工资支付条例》的强制性规定（如未导致工资被挪用或减少），则银行收费具有合同依据，可能被认定为合理。
但需注意：若合同条款存在“免除银行责任、加重对方责任、排除对方主要权利”的情形（如未明确告知收费标准、未提供收费依据），可能因违反《民法典》第四百九十七条（格式条款无效情形）而被认定无效。
3. 银行收费需有合法依据，否则可能涉嫌违规
根据《商业银行服务价格管理办法》规定，银行收费需遵循“合法合规、公平公正、质价相符”原则，且需通过官方渠道公示收费项目、标准。若银行未公示年费标准，或收费项目与公示内容不符，可能涉嫌违反《价格法》第十四条（“利用虚假的或者使人误解的价格手段，诱骗消费者或者其他经营者与其进行交易”），开户单位可向当地银保监局或市场监管部门投诉。
行动建议
如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体证据（如开户协议、收费凭证等）为您详细分析。