关于两个村之间土地协议的效力问题，这确实是一个涉及法律层面的复杂议题，需要依据具体情况进行综合分析。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们要明确的是，农村土地的所有权是禁止买卖的。根据《中华人民共和国宪法》和《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，农村和城市郊区的土地（除法律规定属于国家所有的以外）均属于农民集体所有。这意味着，任何涉及农村土地所有权买卖的协议，都是直接违反法律强制性规定的，因此自始无效。
然而，当涉及到土地使用权的流转时，情况就有所不同了。虽然土地所有权不能买卖，但土地使用权在一定条件下是可以依法流转的。但这种流转并非随意进行，而是受到严格的法律规定和条件限制：
符合规划和用途管制：土地流转必须遵循土地利用总体规划，确保土地用途的合法性。如果流转行为改变了土地的原有用途，比如将农用地转为非农业建设，那么这种流转行为就是无效的。
履行法定程序：土地流转需要履行一系列法定程序，包括经过集体经济组织成员的同意、签订书面合同、报相关部门审批等。如果未履行这些程序，土地流转协议也将被认定无效。
受让主体适格：农村土地使用权流转对受让主体有明确要求。例如，宅基地使用权通常仅能在本集体经济组织内部成员之间流转。如果流转给非本集体经济组织成员，该流转协议一般会被认定为无效。
在具体到两个村之间的土地协议时，我们需要考虑的是：该协议是否涉及土地所有权的买卖？还是仅涉及土地使用权的流转？如果涉及土地所有权的买卖，那么该协议无疑是无效的。如果仅涉及土地使用权的流转，那么我们需要进一步审查该流转是否符合上述的法律规定和条件限制。
结论与建议：
两个村之间的土地协议是否有效，取决于协议的具体内容和是否符合法律规定。如果涉及土地所有权的买卖，则协议无效；如果仅涉及土地使用权的流转，则需要审查流转是否符合法律规定和条件限制。为了确保协议的合法性和有效性，我建议您在签订任何土地协议之前，先咨询专业律师或法律顾问的意见。他们可以根据您的具体情况提供准确的法律意见和解决方案，帮助您避免潜在的法律风险。