结论前置：单位是否可以因残疾人当年只工作了几个月而减免费额，需分情况讨论，具体如下：
从税收减免角度分析
根据《财政部 国家税务总局关于安置残疾人员就业有关企业所得税优惠政策问题的通知》（财税〔2009〕70号）规定，企业安置残疾人员的，在按照支付给残疾职工工资据实扣除的基础上，可以在计算应纳税所得额时按照支付给残疾职工工资的100%加计扣除。这一政策与残疾人实际工作月份无关，只要单位在当年支付了残疾职工工资，即可享受加计扣除优惠，无需因工作月份减少而调整。
若涉及增值税减免（如按安置残疾人人数限额即征即退），根据《财政部 国家税务总局关于促进残疾人就业增值税优惠政策的通知》（财税〔2016〕52号），需满足“每月实际安置的残疾人占在职职工总数的比例不低于25%（含25%），并且实际安置的残疾人人数不少于10人（含10人）”等条件。若因残疾人仅工作几个月导致未满足月度比例或人数要求，可能影响当年部分月份的增值税减免资格，但已满足条件的月份仍可享受优惠。
从残保金减免角度分析
根据《残疾人就业保障金征收使用管理办法》（财税〔2015〕72号），用人单位安排残疾人就业的比例不得低于本单位在职职工总数的1.5%（具体比例由省级政府规定），未达比例的需缴纳残保金。残保金计算按年度平均人数核定，若残疾人当年仅工作几个月，其平均人数可能被折算（如工作3个月按0.25年计算），但只要年度平均人数达到当地规定比例，单位即可免缴残保金；若未达到比例，则需按差额人数缴纳，无法因工作月份少而直接减免应缴金额。
从合同与劳动权益角度分析
若单位与残疾人签订的劳动合同中明确约定了工作期限、工资支付等条款，且残疾人实际履行了部分合同义务（如工作几个月），单位应按实际工作月份支付工资及社保。单位不得单方面以“工作月份少”为由减少法定优惠额度，否则可能涉嫌歧视残疾人就业，违反《残疾人保障法》《就业促进法》等规定，需承担法律责任。
建议：单位需结合具体政策（如税收优惠、残保金征收标准）及当地实施细则，核算残疾人就业对优惠资格的影响；若对政策适用有疑问，可直接向我咨询，我会结合您所在地区的具体规定进一步分析。