土地出让合同违约金是否从缴款当天开始计算，需结合合同具体条款及法律规定综合判断，通常存在两种情形：

1. 合同明确约定违约金起算日的，以约定为准
   若土地出让合同中明确约定“逾期付款违约金自应缴款日次日起计算”（例如合同约定“受让人应于X年X月X日前缴纳土地出让金，逾期每日按未缴金额的0.1%支付违约金”），则违约金从约定缴款日的次日开始计算，缴款当天不计算违约金。
   法律依据：根据《民法典》第585条，当事人可约定违约金计算方式，只要不违反法律强制性规定（如违约金过高可请求调整），法院通常尊重合同约定。

2. 合同未明确约定起算日，或约定不明的，需结合法律规定及交易习惯判断

   • 若合同仅约定“逾期付款需支付违约金”，但未明确起算日：实践中可能以“逾期之日”为起算点，即缴款日次日开始计算违约金。例如，合同约定“受让人应于X年X月X日前付款，逾期需支付违约金”，但未说明“逾期”是否包含当日，此时通常理解为从次日起算。
     
   • 若合同约定“自逾期之日起X日内支付违约金”：需进一步明确“逾期之日”是否包含缴款日。根据《民法典》第201条，自然日计算通常“从次日起算”（如“3日内”指次日至第3日），但法律无强制性规定，仍需以合同约定或双方交易习惯为准。
     
   • 特殊情形：若合同约定“逾期付款需立即支付违约金”，且未排除缴款日，可能从缴款日当天开始计算，但此类条款需明确约定，否则实践中较少支持。

实务建议：

1. 优先审查合同条款，明确违约金起算日、计算标准及调整机制（如违约金过高可请求法院减少）；
   
2. 若合同未约定或约定不明，可与出让方协商补充协议，或参考当地土地出让交易习惯；
   
3. 若发生纠纷，需结合合同履行情况（如是否因不可抗力导致逾期）、双方过错程度等综合主张权利。
   

提示：土地出让合同涉及行政协议与民事合同交叉问题，违约金条款需同时符合《民法典》及《行政协议司法解释》规定。如有具体合同条款或纠纷，可直接向我咨询，我会结合条款细节进一步分析。