在不是车主本人开车发生交通事故后，第三者险是否会赔偿，主要取决于保险合同的具体条款、驾驶人的资格以及事故的实际情形。 以下是对这一问题的详细分析：
一、交强险的赔偿情况
- 赔偿原则：交强险是一种强制性的责任保险，其核心目的是保障交通事故受害人的权益。因此，不论是谁在开车（只要是被保险人允许的合格驾驶员），在发生交通事故并造成第三者的人身伤亡或财产损失时，交强险通常都会负责赔偿。
二、商业车险（包括第三者责任险）的赔偿情况
可以赔偿的常见情况：
- 驾驶人具有合法驾驶资格：驾驶人需持有合法有效的驾驶证，且准驾车型与所驾车辆相符。同时，驾驶人不存在酒驾、毒驾、无证驾驶等违法行为。
- 经过车主允许：如果驾驶人是经过车主允许使用车辆的，如家庭成员间互相驾驶、租赁等情况，且符合保险合同的其他约定，保险公司通常会承担赔偿责任。
可能拒绝赔偿的情况：
- 驾驶人无有效驾驶证：包括未取得驾驶证、驾驶证被吊销或暂扣期间驾驶等情况。
- 存在违法驾驶行为：如酒驾、毒驾、肇事逃逸等严重违法行为，这些都是保险合同明确规定的免责事项。
- 超出保险合同约定范围：例如车辆用于非法营运但未告知保险公司，或违反合同中关于驾驶人年龄、驾驶经验等特殊约定。
- 车辆未按时年检或存在其他安全隐患：若车辆未按时进行年检，或存在其他可能影响安全驾驶的隐患，也可能导致保险公司拒绝赔付。
三、理赔建议
- 查看保险合同：在发生事故后，首先应查看自己的保险合同，特别是关于驾驶人资格、车辆使用范围、免责条款等方面的规定，以了解保险公司是否会承担赔偿责任。
- 及时报案：无论交强险还是商业车险，都需要及时联系保险公司和交警部门，按照程序进行报案和理赔申请。
- 保留证据：注意保留事故现场的照片、视频等证据，以及驾驶人的驾驶证、车辆行驶证等相关证件，以便后续理赔过程中使用。
四、具体案例说明
假设车主A将车辆借给具有合法驾驶资格且无违法行为的驾驶人B使用，B在驾驶过程中发生交通事故并造成第三者损失。在此情况下，如果保险合同中没有其他特殊约定，且事故属于保险责任范围，那么保险公司通常会承担赔偿责任。
综上所述，非车主本人驾车发生事故时，第三者险是否赔偿取决于多种因素。因此，建议车主在购买保险时仔细阅读合同条款，并在发生事故后及时与保险公司沟通，了解自己的权益和义务。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。