结论：行政诉讼一审已结案两个多月，卷宗还未入库，这一情况是否合法不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

一、卷宗入库的常规流程与时间要求

在行政诉讼一审结案后，法院通常会将案件卷宗进行整理、归档，并最终入库。这一流程的时间要求并非由法律明确规定一个具体的期限，而是由法院内部的工作流程和效率决定。因此，从法律条文的角度，无法直接判定两个多月未入库就一定违法。

二、可能影响卷宗入库时间的因素

1. 法院工作量：如果法院近期案件量较大，工作人员可能忙于处理其他案件，导致卷宗入库时间延迟。
2. 卷宗复杂程度：如果案件卷宗内容复杂，涉及大量证据材料，整理归档的时间可能会相应延长。
3. 特殊情况：如法院内部系统升级、人员变动等特殊情况，也可能影响卷宗的入库时间。

三、卷宗未入库可能带来的影响及应对措施

1. 影响当事人查阅卷宗：如果当事人需要查阅卷宗以了解案件详情或准备上诉等，卷宗未入库可能会造成一定的不便。此时，当事人可以向法院咨询卷宗的归档进度，或要求法院提供卷宗的复印件或电子版（如果法院有提供此类服务的话）。
2. 影响上诉期限的计算：虽然卷宗未入库本身不会直接影响上诉期限的计算（上诉期限通常从当事人收到判决书之日起计算），但如果当事人因无法查阅卷宗而错过上诉期限，则可能会产生不利后果。因此，当事人应密切关注上诉期限，并在必要时及时向法院咨询或申请查阅卷宗。
3. 可能的法律救济途径：如果当事人认为法院因卷宗未入库而侵犯了其合法权益（如无法及时上诉等），可以向法院的上级机关或监察机关进行投诉或举报。但需注意，这种投诉或举报应基于具体的事实和证据，而非单纯的猜测或不满。

四、建议与提醒

1. 保持沟通：建议当事人与法院保持沟通，了解卷宗的归档进度和可能的原因。
2. 关注上诉期限：如果当事人有上诉的打算，应密切关注上诉期限，并在必要时及时采取行动。
3. 保留证据：如果当事人认为法院的行为可能侵犯了其合法权益，应保留好相关证据（如与法院的沟通记录、判决书等），以便在需要时进行维权。

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