面对商家以二次销售为由拒绝退款，且申请已经超时关闭的情况，您可以按照以下步骤来处理，以维护自己的合法权益：
一、确认商品状态与商家理由的合理性
仔细检查商品：首先，您需要仔细检查商品，确认是否存在商家所称的影响二次销售的情况。如果商品仅存在轻微瑕疵或包装破损，这并不足以构成商家拒绝退款的合理理由。
参考法律规定：特别是针对支持七天无理由退货的商品，即使在退货期限内商品影响了二次销售（非消费者原因造成），商家也应按照法律规定进行退货处理。
二、回顾购买约定与商家规则
详细阅读商品页面：回顾商品详情、介绍及退换货政策，了解商家对“二次销售”的具体定义和退款条件。这有助于您判断商家的拒绝退款理由是否站得住脚。
核实购买凭证：确保您有订单截图、发票等购买凭证，并关注售后保障条款，明确自己的权利。
三、与商家进行友好沟通
表达退款要求：通过商家提供的客服渠道，以平和的态度向商家说明情况，明确提出退款要求。
提供证据：如有照片、视频等证据证明商品问题非消费者造成，或商家对“二次销售”的定义不合理，应及时提供给商家。
协商解决方案：除了全额退款，您也可以考虑与商家协商部分退款、换货等其他解决方案。
四、利用平台资源（如适用）
联系平台客服：如果您是在电商平台购买的商品，且平台有相关的纠纷处理流程，您可以立即联系平台客服，提供详细的订单信息和相关证据，请求平台介入处理。
通过平台投诉渠道：若平台客服未能给出满意的处理结果，您可利用平台的投诉功能进一步反馈问题，并附上所有相关证据。
五、寻求外部帮助
向消费者协会投诉：如果与商家的沟通和平台处理均未能解决问题，您可以向当地消费者协会投诉，请求调解。拨打12315热线或访问全国12315平台进行投诉，并清晰陈述事情经过及诉求。
向行政部门投诉：如协商与调解均无果，您还可以向市场监督管理局等相关行政部门投诉，提供详细购物凭证、沟通记录及拒绝退款证据。
六、考虑法律途径
仲裁：如果您与商家之间有仲裁协议，您可以提请仲裁机构进行仲裁。
诉讼：作为最终手段，如果其他途径均无法解决问题，您可以向人民法院提起诉讼，要求商家承担法律责任。在此过程中，您之前保留的所有证据将至关重要。
七、特殊情况处理
商品质量问题：如果商品存在质量问题或商家有欺诈行为，您可以依据《中华人民共和国消费者权益保护法》要求商家进行赔偿。
七天无理由退货：对于符合七天无理由退货条件的商品，即使商家以影响二次销售为由拒绝退款，您也有权要求商家按规定进行退货。
在整个处理过程中，保持冷静和理智至关重要。同时，确保收集并保留所有相关证据，以便在必要时提供支持。希望这些建议能帮助您有效解决问题，维护自己的合法权益。