入职后迟到扣钱是否合法，需分情况讨论：
若公司规章制度合法且已告知员工，迟到扣钱一般合法
- 法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 合法性分析：如果公司的规章制度中明确规定了迟到扣钱的条款，并且该规章制度已经通过民主程序制定，且已向劳动者公示或告知，那么公司依据该规章制度对迟到员工进行扣钱，一般是合法的。但需要注意的是，扣钱的金额应当合理，不能超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
若公司规章制度不合法或未告知员工，迟到扣钱不合法
- 不合法情形：如果公司的规章制度未经民主程序制定，或者未向劳动者公示或告知，那么该规章制度对劳动者不具有约束力。此时，公司依据该规章制度对迟到员工进行扣钱，是不合法的。
- 法律后果：如果公司违法扣钱，劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求公司返还被扣的工资。同时，劳动者还可以依据《劳动合同法》第三十八条的规定，以公司未及时足额支付劳动报酬为由，解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。
特殊情况下的迟到扣钱
- 不可抗力因素：如果员工迟到是由于不可抗力因素（如自然灾害、交通事故等）导致的，且员工能够提供相关证据证明，那么公司一般不应扣钱。
- 公司原因导致迟到：如果员工迟到是由于公司的原因（如公司安排的任务过多导致员工无法按时完成、公司提供的交通工具故障等）导致的，那么公司也不应扣钱。
建议：
- 对于公司：应制定合法合理的规章制度，并确保规章制度已经通过民主程序制定，且已向劳动者公示或告知。在扣钱时，应确保扣钱的金额合理，不超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 对于员工：应了解公司的规章制度，并遵守公司的规定。如果因特殊情况导致迟到，应及时向公司说明情况，并提供相关证据。如果公司违法扣钱，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
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