在解答您关于“农民流转土地时乡政府和村委会能否收取管理费，以及收费是否合法”的问题时，我们需要从多个角度进行详细分析。
一、一般原则：村委会无权擅自收取管理费
根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，土地经营权流转的价款由当事人双方协商确定，且流转的收益归承包方（即农民）所有。这意味着，任何组织和个人，包括村委会，都不得擅自截留或扣缴这部分收益。此外，该法还明确指出，登记机构除按规定收取证书工本费外，不得收取其他费用，这进一步限制了村委会在土地流转中的收费行为。因此，在一般情况下，村委会无权擅自收取土地流转的管理费。
二、特殊情况：村委会可收取管理费的情形
尽管有上述一般原则，但在特定条件下，村委会确实有可能收取一定的费用。这些条件包括：
经村民会议讨论决定：如果村民会议民主讨论并通过了在土地流转中由村委会收取一定管理费用于村里公共事务或流转服务相关支出的决议，那么这种收费具有民主决策的依据。
提供了实质服务：村委会在土地流转过程中，如果为流转双方提供了诸如信息收集与发布、合同签订指导、流转后的土地使用监督等具体服务工作，并且这些服务的成本合理，那么村委会可以在合理范围内收取一定费用作为服务补偿。
合同明确约定：在土地流转合同中，如果流转双方与村委会明确约定了村委会的管理职责及相应费用，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么村委会在履行了相应管理职责后，有权按照合同约定收取费用。
三、乡政府的角色与收费问题
至于乡政府，在土地流转过程中，它主要扮演的是监管和服务的角色，而非直接参与收费。乡政府应当确保土地流转的合法性和合规性，保护农民的合法权益，而不是通过收取管理费来增加农民的负担。因此，乡政府在土地流转过程中一般不应收取管理费。
四、对收费行为的监督与维权
如果农民发现村委会或乡政府擅自收取管理费，或者收费超出合理范围，他们有权采取以下措施：
要求说明收费依据：农民可以要求村委会或乡政府说明收费的法律依据和合理依据。
向相关部门咨询或反映情况：农民可以向乡镇政府、农业部门或法律援助机构等相关部门咨询或反映情况，以确认收费的合法性。
拒绝缴纳并举报：如果确认收费不合法或不合理，农民有权拒绝缴纳，并可以向相关部门举报以维护自身合法权益。
综上所述，农民在流转土地时，乡政府一般不应收取管理费，而村委会在一般情况下也无权擅自收取。但在特定条件下，如经村民会议讨论决定、提供了实质服务或合同明确约定的情况下，村委会可以收取一定费用。农民在面对收费行为时，应仔细甄别其合法性，并采取相应措施维护自身权益。