村集体土地入股协议并非必须进行工商登记，但工商登记能产生特定的法律效果，以下分情况说明：
- 从协议生效角度
- 村集体土地入股协议本质上是合同行为，只要协议双方（村集体与入股方）具备相应的民事行为能力，意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，协议自成立时即生效，并不以工商登记为生效要件。例如，村集体和某企业经过友好协商，就村集体以土地使用权入股该企业达成一致，签订了入股协议，只要协议内容合法合规，双方签字盖章后协议就生效了。
- 从公司股东资格取得及公示角度（若入股到公司）
- 如果村集体以土地使用权入股到公司，根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，股东以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。对于土地使用权入股，除了签订入股协议外，还需要到相关部门办理土地使用权的变更登记，将土地使用权过户到公司名下。
- 而工商登记是公司对外公示股东信息、股权结构等重要事项的方式。虽然不进行工商登记不影响入股协议本身的效力以及土地使用权变更到公司名下这一事实，但未经工商登记，村集体在法律上可能难以直接以股东身份对抗善意第三人。比如，公司对外负债，债权人可能因工商登记信息未显示村集体为股东，而不认可村集体的股东身份，村集体在主张股东权利时可能会面临一定障碍。
- 从合作社成员资格取得及公示角度（若入股到农民专业合作社）
- 若村集体将土地入股到农民专业合作社，根据《中华人民共和国农民专业合作社法》规定，设立农民专业合作社，应当召开由全体设立人参加的设立大会。设立时自愿成为该社成员的人为设立人。设立人应当签订书面协议，明确各方的权利和义务。村集体以土地入股成为合作社成员，同样不以工商登记为成员资格取得的必要条件，成员资格自签订入股协议、完成土地交付等相关手续时取得。
- 不过，农民专业合作社也应当按照规定向工商行政管理部门申请登记，领取营业执照。工商登记对于明确合作社的成员信息、出资情况等具有公示作用。未进行工商登记，村集体在合作社中的成员权益在对外关系上也可能面临一些不便，比如在与其他市场主体交易或涉及纠纷时，证明自身成员身份和权益可能会增加一定的难度。
所以，村集体土地入股协议本身不必须工商登记才生效，但为了更好地保障村集体在入股后的权益，尤其是在涉及对外关系时能够顺利主张权利，建议按照相关规定办理土地使用权变更登记以及相应的工商登记手续。如果你在这方面还有其他疑问，可以直接向我咨询。