针对经营状态的违章建筑，处理方式需结合建筑性质、法律程序及实际经营情况综合判断，核心结论如下：

1. 违章建筑的认定与分类
   违章建筑通常指未取得建设工程规划许可证、临时建设工程规划许可证，或违反许可证规定建设的建筑物。根据《城乡规划法》第64条，需先由城乡规划部门或综合执法部门通过现场勘查、调取规划档案等方式确认其是否属于“无法采取改正措施消除影响”的情形（如占用公共空间、影响消防安全等）。若建筑虽未完全合规，但可通过补办手续（如补缴罚款、调整规划）合法化，则优先推动合规化处理。

2. 经营状态下的特殊处理原则
   若建筑已投入经营（如开设商铺、工厂），行政机关在处理时需平衡“违法性纠正”与“社会利益保护”。根据《行政强制法》第5条，行政强制的设定和实施应适当，采用非强制手段能达到行政管理目的的，不实施行政强制。因此，实践中可能采取“限期整改+罚款”的柔性措施，而非直接强制拆除。例如：

   • 要求经营者在规定期限内补办规划许可、消防验收等手续；
     
   • 若无法补办，则责令停止经营、腾退建筑，并处以罚款（罚款标准通常为工程造价的5%-10%，具体依地方规定）；
     
   • 仅在建筑存在重大安全隐患（如结构危险、占用消防通道）且无法整改时，才会启动强制拆除程序。

3. 经营者的权利救济途径
   若对行政机关的处理决定不服，经营者可通过以下方式维权：

   • 行政复议：自知道决定之日起60日内向上一级行政机关申请复议，复议机关需在60日内作出决定；
     
   • 行政诉讼：若复议未解决或直接起诉，可在知道决定之日起6个月内向法院提起诉讼，法院将审查行政行为的合法性（如是否程序违法、证据是否充分）；
     
   • 协商补偿：若建筑因公共利益需要被拆除（如道路扩建），经营者可依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》主张停产停业损失、搬迁费用等补偿（需证明实际经营事实及损失金额）。

建议：若您涉及的违章建筑正在经营，建议立即停止违法经营行为，同时委托专业机构评估建筑合规性及经营损失，并主动与行政机关沟通整改方案。若已收到处罚决定，需在法定期限内行使救济权利，避免丧失维权机会。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我将结合地方规定为您分析处理方案。