结论：能否凭合作协议起诉股东，需根据合作协议的具体内容、股东行为性质及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合作协议的性质与效力
合作协议，若其内容实质上构成了股东之间的出资、分红、管理等方面的约定，且该协议不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议是合法有效的。在此情况下，如果股东违反了合作协议中的约定，其他股东或合作方有权依据协议内容，向违约股东主张权利，包括但不限于要求其承担违约责任、赔偿损失等。
举例：若合作协议中明确约定了股东的出资比例、出资时间以及未按时出资的违约责任，那么当某一股东未按时出资时，其他股东可以依据合作协议，要求该股东承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
二、股东行为的性质
股东内部行为：如果股东之间的纠纷仅涉及合作协议的履行问题，如出资、分红等，且该纠纷不涉及公司外部第三人，那么通常可以通过合作协议来约束股东行为，并据此提起诉讼。
股东对公司行为：如果股东的行为涉及对公司权益的侵害，如滥用股东权利损害公司利益、挪用公司资金等，那么虽然这些行为可能也违反了合作协议中的某些条款，但更直接地违反了《公司法》等相关法律法规。在此情况下，除了可以依据合作协议主张权利外，还可以依据《公司法》等法律法规，要求股东承担相应的法律责任。
法律背景：根据《公司法》的相关规定，股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益。如果股东违反了这些规定，应当承担相应的法律责任。
三、诉讼策略与建议
审查合作协议：在提起诉讼前，应仔细审查合作协议的内容，确保协议中明确约定了股东的权利义务以及违约责任等条款。
收集证据：收集能够证明股东违约或侵害公司权益的证据，如出资记录、分红记录、公司财务报表、股东会决议等。
确定诉讼请求：根据合作协议的内容和股东行为的性质，确定具体的诉讼请求，如要求股东支付违约金、赔偿损失、返还挪用资金等。
选择管辖法院：根据合作协议中的约定或相关法律法规的规定，选择合适的管辖法院提起诉讼。
进一步思考：在提起诉讼前，还可以考虑通过协商、调解等方式解决纠纷，以节省诉讼成本和时间。如果协商、调解无果，再考虑通过法律途径解决。
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