结论：公章作废后，原公章的公证效力会受到影响，但具体是否有效需结合公章作废的原因、公证的内容及目的等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、公章作废的原因与公证效力的关系
公章因遗失、被盗而作废：
- 在此情况下，若原公章在遗失或被盗前已经进行了某些法律行为的公证，且该公证行为本身合法有效，那么该公证的效力通常不会因公章的遗失或被盗而自动失效。但需注意的是，若有人利用遗失或被盗的公章进行非法活动，并进行了公证，那么该公证行为可能是无效的，且可能涉及法律责任。
- 对于因遗失、被盗而作废的公章，企业应及时向公安机关报案，并登报声明作废，以避免不必要的法律风险。
公章因损坏、变更而作废：
- 若公章因损坏无法继续使用而作废，那么原公章下的所有公证行为，若其公证内容本身合法且未受损坏公章影响，其公证效力通常不受影响。但企业应尽快办理新公章的刻制和备案手续，以确保后续法律行为的合法性。
- 若公章因企业名称变更、合并、分立等原因而作废，那么原公章下的公证行为，若涉及企业名称、主体等关键信息的变更，可能需要重新进行公证或办理相关变更手续，以确保公证效力的连续性。
二、公证的内容与目的对公证效力的影响
公证内容合法有效：
- 无论公章是否作废，只要公证的内容本身合法有效，且公证程序符合法律规定，那么该公证行为通常具有法律效力。但需注意的是，若公证内容涉及公章的使用，且公章已作废，那么该公证行为可能因公章的无效而受到影响。
公证目的明确且合法：
- 公证的目的是为了证明某一法律行为或法律事实的真实性、合法性。若公证目的明确且合法，且公证行为本身符合法律规定，那么即使公章作废，该公证行为在特定情况下（如公证内容不涉及公章使用或公章作废不影响公证内容真实性、合法性的）仍可能具有法律效力。
三、法律建议与风险提示
及时办理公章作废手续：
- 企业应妥善保管公章，一旦发现公章遗失、被盗、损坏或需变更等情况，应及时向公安机关报案、登报声明作废，并办理新公章的刻制和备案手续。
审慎对待原公章下的公证行为：
- 对于原公章下的公证行为，企业应审慎对待，特别是涉及关键法律行为或法律事实的公证。若公章已作废，且公证内容涉及公章使用，建议企业重新进行公证或办理相关变更手续，以确保公证效力的连续性。
咨询专业律师：
- 在处理公章作废及公证相关事宜时，企业应咨询专业律师的意见，以确保法律行为的合法性和有效性。若您有任何关于公司法务或股权转让方面的法律问题，可以直接向我咨询。
综上所述，公章作废后原公章的公证效力会受到影响，但具体是否有效需结合多方面因素综合判断。企业应妥善处理公章作废事宜，并审慎对待原公章下的公证行为，以确保法律行为的合法性和有效性。