关于公司异地设仓库是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和相关法律法规来判断。以下我将从几个方面为您详细解答：

一、特定行业规定

以药品批发企业为例，根据福建省食品药品监督管理局发布的《关于药品批发企业异地设置仓库许可标准的通知》，药品批发企业是可以申请跨设区市管辖区域异地设置仓库的，但需要满足一系列条件和标准，如仓库面积、设施设备、人员配备、计算机管理系统对接、质量管理体系文件等。这表明，在特定行业，如药品批发，异地设仓库是受到严格监管但并非完全禁止的。

二、一般企业仓储设施

对于一般企业而言，异地设置仓库的合法性主要取决于当地的土地使用政策、规划要求以及工商注册等相关规定。如果企业符合当地土地使用政策，获得了相应的土地使用权，并且按照规划要求建设了仓储设施，同时完成了工商注册等必要手续，那么异地设置仓库就是合法的。

三、税收优惠政策考虑

此外，如果企业异地设置的仓库符合物流企业大宗商品仓储设施用地的条件，还可能享受城镇土地使用税的优惠政策。这进一步说明了，在符合一定条件下，异地设置仓库不仅合法，还可能带来税收上的优惠。但需要注意的是，享受税收优惠也需要满足一系列条件，如仓储设施占地面积、储存物资种类等。

四、合规性建议

1. 了解当地政策：在异地设置仓库前，企业应详细了解当地土地使用政策、规划要求以及工商注册等相关规定，确保符合所有合规性要求。
2. 完善手续：按照当地要求，完成土地使用权获取、仓储设施建设、工商注册等必要手续。
3. 持续监管：异地设置仓库后，企业应持续接受当地相关部门的监管，确保仓库运营符合所有法律法规和政策要求。

综上所述，公司异地设仓库的合法性取决于多种因素，包括行业规定、当地政策、规划要求以及工商注册等。在符合所有合规性要求的前提下，异地设置仓库是合法的，并且可能带来税收上的优惠。因此，建议您在异地设置仓库前，详细咨询当地相关部门或专业机构，确保所有手续合规、运营合法。