侵占寺院用房属于违法行为，需根据具体情况承担相应法律责任，处理方式主要包括民事途径、行政途径及刑事途径。以下从不同角度展开分析：

1. 民事途径

   • 法律依据：根据《民法典》第二百六十七条，私人的合法财产受法律保护，禁止任何组织或者个人侵占、哄抢、破坏。寺院作为宗教活动场所，其用房属于寺院合法财产，受法律保护。
   • 处理方式：若侵占行为未构成犯罪，寺院可通过民事诉讼要求侵占者返还房屋、恢复原状并赔偿损失。寺院需准备房屋产权证明、侵占事实证据（如照片、视频、证人证言等）及损失计算依据，向法院提起诉讼。

2. 行政途径

   • 法律依据：根据《宗教事务条例》第五十四条，宗教活动场所被非法侵占的，当地人民政府宗教事务部门应当协调有关部门处理，必要时可以提请本级人民政府依法予以处置。
   • 处理方式：寺院可向当地宗教事务部门报告侵占情况，请求协调处理。宗教事务部门将联合公安、国土等部门进行调查，若侵占行为属实，将责令侵占者限期退出，并可能处以罚款等行政处罚。

3. 刑事途径

   • 法律依据：若侵占行为情节严重，可能构成《刑法》第二百七十条规定的侵占罪（将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大，拒不退还的）或第二百四十五条规定的非法侵入住宅罪（非法侵入他人住宅的）。若侵占者采用暴力、威胁等手段，还可能构成抢劫罪或寻衅滋事罪。
   • 处理方式：寺院可向公安机关报案，公安机关将立案侦查。若证据充分，侵占者将被追究刑事责任，面临有期徒刑、拘役或罚金等刑罚。

建议寺院在发现用房被侵占后，首先收集并保存相关证据，包括房屋产权证明、侵占事实证据及损失计算依据。随后，根据侵占行为的性质和严重程度，选择合适的处理途径。若侵占行为轻微，可优先通过民事诉讼或行政途径解决；若侵占行为严重，涉嫌犯罪，则应立即向公安机关报案。如有进一步疑问或需要法律帮助，可直接向我咨询。