结论前置：招标文件上有文明措施费而合同上没有，审计能否扣减该费用，需根据具体情况判断，若招标文件中的文明措施费属于合同文件的组成部分，且合同未明确排除该费用，则审计一般不能随意扣减；若合同明确排除了该费用或合同文件组成中不包含招标文件相关条款，则审计可能扣减。以下是对此问题的详细分析：
一、合同文件组成与解释
在建设工程领域，合同文件通常包括招标文件、投标文件、中标通知书、合同协议书等，这些文件共同构成了合同的整体，对双方具有法律约束力。当招标文件与合同协议书在费用条款上存在不一致时，需要依据合同文件的组成及解释顺序来确定。
合同文件组成：
- 若招标文件被明确列为合同文件的组成部分，且合同中未对招标文件中的文明措施费进行排除或修改，则招标文件中的该条款应视为合同的一部分，对双方具有约束力。
- 若合同中明确排除了招标文件中的某些条款，或合同文件组成中不包含招标文件的相关条款，则招标文件中的文明措施费条款可能不被视为合同的一部分。
合同解释顺序：
- 在合同文件存在冲突时，通常按照合同中约定的解释顺序来确定优先适用的文件。若合同未约定解释顺序，则可能依据行业惯例或相关法律法规进行解释。
二、审计扣减的合法性
审计扣减费用的合法性取决于合同条款的约定以及相关法律法规的规定。
合同约定：
- 若合同中明确约定了文明施工费的具体金额或计算方式，且该约定与招标文件一致，则审计应依据合同约定进行，不得随意扣减。
- 若合同中未约定文明施工费，但招标文件中有明确约定，且招标文件被视为合同文件的组成部分，则审计同样应依据招标文件（即合同的一部分）进行，不得随意扣减。
- 若合同中明确排除了招标文件中的文明施工费条款，或合同文件组成中不包含招标文件的相关条款，则审计可能依据合同约定进行扣减（但需注意，若扣减行为违反相关法律法规或公平原则，可能面临法律风险）。
法律法规：
- 审计扣减费用还需符合相关法律法规的规定。例如，若扣减行为违反了《中华人民共和国招标投标法》中关于中标合同必须与招标文件实质性内容一致的规定，则该扣减行为可能无效。
- 同时，审计扣减费用还需遵循公平、公正、合理的原则，不得损害承包人的合法权益。
三、实际操作建议
审查合同文件：
- 仔细审查合同文件，包括招标文件、投标文件、中标通知书、合同协议书等，确定文明施工费条款的具体内容及其在合同文件中的地位。
与审计沟通：
- 若审计提出扣减文明施工费，应及时与审计沟通，了解其扣减的依据和理由，并提供相关证据证明该费用应计入合同价款。
寻求法律救济：
- 若与审计沟通无果，且认为审计扣减行为违反合同约定或相关法律法规，可依法向相关部门投诉或提起诉讼，维护自身合法权益。
举例说明：假设某建设工程招标文件中明确规定了文明施工费为10万元，且招标文件被列为合同文件的组成部分。在签订合同时，双方未对招标文件中的该条款进行修改或排除。后审计提出扣减该费用，认为合同中未明确约定。此时，承包人可依据招标文件（即合同的一部分）主张该费用应计入合同价款，并拒绝审计的扣减要求。
进一步思考：在实际操作中，为避免类似纠纷的发生，建议在签订合同时明确约定合同文件的组成及解释顺序，并对各项费用条款进行详细、明确的约定。同时，在审计过程中保持与审计的沟通与合作，共同确保审计结果的公正、合理。若有问题，可以直接向我咨询，我会结合你具体情况详细解答。