在超限运输案件中，判断处罚对象是司机还是车辆所属单位（或车主、实际经营人等，以下统称“单位”），主要依据违法行为的直接实施者、责任归属以及相关法律规定来综合判定，并非单纯以“司机”或“单位”的身份标签决定。具体可从以下角度分析：

1. 若司机是直接实施超限运输行为且无单位授权或职务关联，一般处罚司机

根据《公路安全保护条例》第六十四条，违反超限运输规定（如超载、超长、超宽、超高）的，由公路管理机构责令改正，处3万元以下罚款；若司机是个人运输（如个体货车司机），且无单位委托或职务行为，其作为直接实施违法行为的人，需承担行政处罚责任。例如：司机个人承接运输任务，未取得超限运输许可擅自上路，被查获后，处罚对象为司机本人。

2. 若司机是单位员工且超限运输行为属于职务行为，一般处罚单位，但司机可能承担连带责任或内部责任

根据《民法典》第一千一百九十一条，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任；若司机受单位指派从事运输，且超限行为与职务直接相关（如单位安排超载运输、未办理超限许可等），行政处罚对象通常为单位（如物流公司、货运企业）。但需注意：

• 司机可能被追究内部责任：若司机明知单位安排违法仍执行（如故意超载），单位可依据内部规章制度对司机进行处罚（如扣工资、解雇）；
  
• 司机可能被追究刑事责任：若超限运输导致严重后果（如重大交通事故），司机可能因涉嫌“交通肇事罪”或“危险驾驶罪”被追究刑事责任，单位则可能因“重大责任事故罪”被追责。

3. 若司机与单位存在挂靠、承包等关系，需根据实际责任划分处罚对象

实践中，部分货车司机将车辆挂靠至单位（如物流公司），或承包单位车辆从事运输。此时需区分：

• 挂靠关系：若车辆登记在单位名下，但实际由司机经营，超限行为由司机主导，单位未参与或不知情，处罚对象可能为司机；若单位明知司机超限运输仍提供便利（如协助办理手续），单位可能被认定为共同违法，需承担连带责任。
  
• 承包关系：若司机承包单位车辆并自主经营，超限行为由司机决定，处罚对象通常为司机；但若单位未履行监管职责（如未检查车辆载重、未提醒办理许可），可能被认定为存在过错，需承担部分责任。

4. 特殊情形：司机与单位均需被处罚

若超限运输行为中，司机与单位均存在过错（如司机故意超载，单位未审核运输方案、未办理许可），行政机关可能根据《行政处罚法》对双方分别处罚。例如：单位因“未办理超限运输许可”被罚款，司机因“驾驶超限车辆”被罚款。

总结建议：超限运输案件的处罚对象需结合具体情节判断，核心是“谁实施了违法行为、谁应承担责任”。若您涉及此类案件，建议提供详细信息（如运输关系、违法情节等），以便进一步分析责任归属。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案例为您详细解答。