法院开庭时被告付款了但原告不撤诉的，诉讼费一般由原告预交，最终由法院根据案件结果判定由哪方承担，若被告付款行为被认定为履行义务，可能由原告承担或双方分担诉讼费。具体分析如下：

1. 诉讼费的预交与承担原则
   根据《诉讼费用交纳办法》第二十条，案件受理费由原告、有独立请求权的第三人、上诉人预交。若原告未按时预交，法院将按撤诉处理。最终诉讼费的承担则由法院根据案件结果判定，通常遵循“败诉方承担”原则（《诉讼费用交纳办法》第二十九条）。若案件部分胜诉、部分败诉，法院会按责任比例分担费用。

2. 被告付款对诉讼费承担的影响

   • 若被告付款被认定为履行义务：例如被告在开庭时支付了全部或部分欠款，且法院认定该行为有效，则原告的诉讼请求可能被部分或全部驳回。此时，法院可能判定原告承担全部或部分诉讼费（如被告已履行主要义务，原告仍坚持诉讼导致费用产生）。
     
   • 若被告付款未被完全认可：若被告仅支付部分款项，或原告对付款性质（如利息、违约金等）存在争议，法院可能判定被告仍需承担部分责任，诉讼费由双方分担。例如，被告支付本金但未支付利息，法院可能判定被告承担利息部分的诉讼费。

3. 原告不撤诉的后果
   原告是否撤诉是其权利，但撤诉与否不影响法院对诉讼费的最终判定。即使原告不撤诉，法院也会根据案件实体结果（如被告是否履行义务、原告诉求是否成立）决定诉讼费承担方。若原告无正当理由拒不撤诉导致诉讼程序延长，法院可能酌情判定其承担部分额外费用。

实务建议：

• 被告在开庭时付款的，应保留转账记录、收据等证据，并要求原告出具书面确认文件，以证明付款性质（如本金、利息等）及金额。
  
• 原告若认为被告付款未完全解决争议（如未支付违约金、诉讼费等），应在庭审中明确诉求，避免因模糊表述导致诉讼费承担不利。
  
• 双方均可依据《诉讼费用交纳办法》第五十三条，在判决书送达后15日内就诉讼费承担向法院提出复核申请。
  

如有进一步争议或需具体计算诉讼费分担比例，可提供案件细节后继续向我咨询。