备案制和合同制在合同方面存在多方面的区别，以下是对这两种制度的详细比较和分析：
定义与性质差异：
- 备案制：是一种新的人事管理方式，单位将用人数量、岗位设置等信息在相关部门进行备案。它主要适用于公益二类事业单位等，这类单位有一定的经营收入，人员管理相对灵活。备案制员工虽无传统事业编制，但在某些地方政策下，其待遇与事业编制人员相近。在合同方面，备案制不直接涉及与劳动者签订书面劳动合同，而是通过备案形式确认用工关系。
- 合同制：是用人单位与劳动者通过签订书面劳动合同，明确双方权利和义务的用工形式。它广泛适用于各类企业、部分事业单位和其他组织，是基于平等民事主体之间的契约关系建立的。合同制的核心就是书面劳动合同，它详细规定了双方的权利和义务。
签订形式与劳动关系：
- 备案制：不需要用人单位与劳动者签订书面劳动合同，只需将用工信息备案。因此，备案制不涉及直接的劳动关系确认，但员工与单位之间仍存在一定的管理和被管理关系，这种关系更多是通过备案和单位内部规章制度来体现。
- 合同制：必须签订书面劳动合同，这是确认劳动关系的基础。合同内容详细规定了双方的权利和义务，如工作内容、工作地点、工作时间、薪酬待遇、社会保险等，为劳动关系的稳定提供了法律保障。
稳定性与合同期限：
- 备案制：相对稳定，只要单位正常运转且个人履职良好，通常不会面临失业风险。同时，在单位内部调动、岗位调整等方面也有一定规范和程序。备案制员工的稳定性更多依赖于单位的运营状况和内部管理政策。
- 合同制：稳定性取决于劳动合同的期限和续签情况。合同期满后，用人单位可能根据经营状况、员工表现等因素决定是否续签。不过，在一些长期合同或无固定期限合同中，员工的稳定性也能得到较好保障。
福利待遇与合同内容：
- 备案制：通常与当地事业单位在编人员的福利待遇相近，包括基本工资、绩效工资、津贴补贴等，并享受五险一金。部分地区还会提供其他福利，如人才公寓、子女入学便利等。这些福利待遇虽然不直接体现在合同中，但往往是备案制员工选择该制度的重要考虑因素。
- 合同制：福利待遇主要依据劳动合同约定和用人单位自身的薪酬福利体系。不同企业差异较大，大型企业或国有企业可能提供较好的福利待遇；而小型企业或经营状况不佳的企业，福利待遇可能相对较差。合同制员工的福利待遇直接体现在劳动合同中，是双方协商的重要结果。
管理与退出机制与合同关系：
- 备案制：员工管理纳入政府相关部门监管范围，考核、晋升等有较为规范的制度。退出机制相对复杂，员工主动离职需按规定程序提交申请；单位辞退员工也需有充分理由和依据，并经过审批程序。备案制员工的退出往往与单位内部管理政策和政府监管要求密切相关。
- 合同制：管理主要依据劳动合同和用人单位内部规章制度。员工辞职需提前按合同约定时间通知用人单位；用人单位辞退员工若符合法定情形，需支付经济补偿；若违法解除劳动合同，则需承担更严重的法律后果。合同制员工的退出机制相对灵活，但必须遵守法律法规和劳动合同的约定。
总结与建议：
备案制和合同制在合同方面存在显著差异，主要体现在定义与性质、签订形式与劳动关系、稳定性与合同期限、福利待遇与合同内容以及管理与退出机制与合同关系等方面。用人单位在选择用工制度时，应根据自身实际情况和劳动者需求进行综合考虑。对于劳动者而言，在选择就业方式时，也应充分了解不同制度的特点和要求，以便做出更明智的选择。如果您在备案制或合同制方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。