结论前置：员工扣工资以绩效为由是否合法，主要取决于绩效考核制度的合法性、明确性，劳动合同中的相关约定，以及扣除比例和扣除后工资是否符合法律规定等多个因素。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
绩效考核制度合法且明确
- 制度制定程序合法：用人单位应依法制定绩效考核制度，该制度需经过民主程序制定，如职工代表大会讨论通过，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，制度内容应明确绩效考核的标准、计算方式及扣减情形，并向员工公示或告知。
- 劳动合同有明确约定：劳动合同中应明确约定绩效工资的数额、发放条件及扣减办法。员工在签署合同时应知晓并同意这些条款。若员工未达到约定的绩效标准，用人单位按制度扣减绩效工资是合法的。
- 举例说明：如公司规定销售人员需完成特定销售业绩才能获得全额绩效工资，且这一规定已在员工入职时通过员工手册等方式明确告知。若销售人员未完成业绩，公司按制度扣减绩效工资是合法的。
经济损失赔偿合法
- 当员工因故意或重大过失给用人单位造成经济损失时，用人单位可按照劳动合同约定要求员工赔偿。赔偿金额可从员工工资中扣除，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
不合法情况
绩效考核制度不合法或不明确
- 制度制定程序不合法：若用人单位没有制定绩效考核制度，或虽有制度但未经过民主程序制定，也未向员工公示，则随意扣减绩效工资是不合法的。
- 劳动合同无约定或约定不明确：若劳动合同中未约定绩效工资的发放条件、标准和方式，或约定不明确，则用人单位不得随意扣减绩效工资。
- 举例说明：如公司未制定明确的绩效考核制度，或制度未向员工公示，却以员工绩效不达标为由扣减工资，这种行为是不合法的。
随意变更考核标准或恶意扣减
- 用人单位在考核过程中擅自变更考核标准，导致员工无法达到新标准而被扣绩效工资，这种行为是不合法的。
- 用人单位为降低员工工资而故意给予低绩效评价，从而扣减绩效工资，属于变相降薪，也是不合法的。
扣除后工资低于最低工资标准
- 即使用人单位有合理的绩效考核制度和扣除理由，但若扣除绩效工资后员工的工资低于当地最低工资标准，则此扣除行为违法。最低工资标准是保障员工基本生活的法定底线。
员工权益维护
若员工认为用人单位扣减绩效工资的行为不合法或存在争议，可采取以下措施维护自身权益：
- 与用人单位协商解决：首先尝试与用人单位沟通，了解扣减原因和依据，并表达个人意见和诉求。
- 向劳动行政部门投诉：若协商无果，可向当地劳动行政部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：若以上途径均无法解决问题，员工可向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自身权益。
综上所述，员工扣工资以绩效为由是否合法取决于多种因素。用人单位应确保绩效考核制度的合理性、合法性及透明性；员工则应了解自己的权益，并在遭遇不公时采取适当措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。