公司变更股东为非自然人，主要涉及的手续流程包括以下几个步骤：

一、前期准备与决策

1. 内部决策：公司需召开股东会或董事会，就股东变更事宜形成决议。决议内容应明确变更的股东、变更后的股东信息（如非自然人股东的名称、住所、法定代表人等）、变更比例等关键信息。
2. 修改公司章程：根据股东会或董事会的决议，修改公司章程中关于股东信息的部分，确保公司章程与实际情况一致。

二、签署相关文件

1. 股权转让协议：原股东与新股东（非自然人）需签署股权转让协议，明确双方的权利义务、转让价格、支付方式、股权变更登记等条款。
2. 其他必要文件：根据当地工商行政管理部门的要求，可能还需准备其他相关文件，如股东会决议、董事会决议、公司章程修正案等。

三、办理工商变更登记

1. 提交申请：将准备好的所有文件提交至公司注册地的工商行政管理部门，申请办理股东变更登记。
2. 审核与登记：工商行政管理部门会对提交的文件进行审核，确认无误后，会办理股东变更登记手续，并颁发新的营业执照。此时，公司的股东信息将正式更新为非自然人股东。

四、后续事项

1. 税务登记变更：股东变更后，公司还需前往税务部门办理税务登记变更手续，确保税务信息与工商信息一致。
2. 银行账户信息变更：如果公司银行账户信息中涉及股东信息，也需前往银行办理变更手续。
3. 其他相关变更：根据公司的实际情况，可能还需办理其他相关变更手续，如社保、公积金等账户的变更。

五、法律注意事项

1. 合规性审查：在办理股东变更过程中，应确保所有文件、手续均符合法律法规的要求，避免出现违法违规行为。
2. 保护股东权益：在股权转让过程中，应充分保护原股东和新股东的合法权益，确保股权转让的公平、公正、公开。
3. 及时办理变更登记：股东变更后，应及时办理相关变更登记手续，避免因未及时办理而导致的法律风险。

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