您好，关于您提出的“只有单位抬头可以申请开发票吗，是否合法”的问题，这并非一个绝对化的规定，而是需要根据具体的业务情况和付款方来确定。

首先，我们要明确的是，根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，在对外发生经营业务收取款项时，收款方应当向付款方开具发票。这是发票开具的基本原则，即发票应如实反映交易双方和交易内容。

在您所描述的情境中，虽然租房合同是由您个人与房东签署的，但如果房费最终是由您的单位支付（例如单位报销给您，且钱从单位账户支出），那么根据发票开具的原则，发票抬头应当为付款方，即您的单位。这是因为合同签约主体与付款主体是可以分离的，如员工代单位租房的情况。

税务局在处理此类问题时，会依据实际付款方来确定发票的抬头。如果税务局因为合同是由您个人签署而拒绝开具以单位为抬头的发票，这可能是对规定理解不够全面或准确。在这种情况下，您可以向税务局进一步解释和说明实际付款方的情况，并提供相关证据（如单位报销凭证、付款记录等），以争取开具符合实际情况的发票。

同时，我们也要注意，发票的开具必须遵循如实开具的原则，不得虚开发票或开具与实际经营业务情况不符的发票。这是维护税收秩序和保障交易双方权益的重要基础。

综上所述，发票的抬头并非只能为单位，而是应根据实际付款方来确定。在您的情况下，如果房费由单位支付，那么发票抬头应当为单位。如果您对此仍有疑问或遇到相关问题，建议联系当地税务局或专业税务顾问进行咨询和解答。