公司违法所得遗失的处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 违法所得尚未被司法机关查封、扣押时遗失
   若违法所得在公司控制期间因管理疏忽（如被盗、灭失）导致遗失，公司仍需承担法律责任。根据《刑法》第六十四条，违法所得应依法追缴或责令退赔，遗失不免除追缴义务。司法机关可能要求公司以等值财产补足，或通过其他财产执行。例如，公司通过非法手段获利100万元，即使现金遗失，法院仍可查封公司名下其他资产（如房产、车辆）折价追缴。

2. 违法所得已被司法机关查封、扣押后遗失
   若违法所得在司法机关保管期间因不可抗力（如自然灾害）或保管方过错遗失，责任由保管方承担。根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百三十条，查封、扣押的财物因保管不善造成损坏的，公安机关应赔偿；若因第三方原因（如盗窃）遗失，公安机关需协助追回或通过刑事程序追究第三方责任，但公司无需额外承担追缴义务。

3. 公司主动销毁或转移违法所得导致“遗失”
   若公司为逃避追缴，故意隐匿、转移或销毁违法所得，可能构成《刑法》第三百一十二条规定的掩饰、隐瞒犯罪所得罪，情节严重的可处三年以下有期徒刑。此时“遗失”将被认定为恶意行为，公司不仅需全额追缴违法所得，还可能面临刑事处罚。

实务建议：

• 立即向司法机关报告遗失情况，配合调查并提交相关证据（如监控录像、出入库记录），证明非主观故意；
  
• 若违法所得已用于公司经营（如投入生产），需主动说明资金流向，避免被认定为“恶意转移”；
  
• 咨询律师评估风险，制定合规方案，降低刑事或行政处罚概率。
  

如有进一步疑问，可直接向我提问，我会结合具体案情为您详细分析。