针对您提出的“电子承兑退回后怎么处理”的问题，这主要涉及到电子商业承兑汇票在退回后的法律处理及实务操作。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确电子商业承兑汇票退回的几种常见情形及原因，比如可能是因承兑人未应答、账户余额不足、票据信息错误或超期未处理等导致银行退回。在您提供的案例中，甲公司就遇到了因逾期提示付款而被银行退回的情况。
一、电子承兑退回后的法律处理
票据权利状态：
- 当电子承兑被退回，且原因显示为“逾期提示付款已拒付”时，持票人（如甲公司）的票据权利会受到限制。根据《中华人民共和国票据法》的相关规定，持票人未在提示付款期限内提示付款的，可能会丧失对其前手的追索权，只能向出票人或承兑人请求返还其与未支付的票据金额相当的利益。
基础交易关系：
- 在电子商业承兑汇票背书转让过程中，票据中的承兑人或付款人与基础交易关系中的债务人可能不一致。若持票人因自身过错（如逾期提示付款）导致票据权利丧失，再基于基础交易关系主张权利时，可能会面临法律障碍。因为债务人履行基础关系产生的债务后，若无法获得完整的票据权利，对债务人而言有失公允。
二、实务操作建议
及时沟通：
- 一旦发现电子承兑被退回，持票人应立即与承兑人、出票人以及前手（如有）进行沟通，了解退回的具体原因，并协商解决方案。
准备必要材料：
- 根据退回原因，准备相应的证明材料，如退关、变更运输工具证明材料、商检机构或相关部门出具的证明材料、签注海关意见的相关材料等（虽然这些材料更多关联于进出口货物报关单的修改或撤销，但类似的原则也适用于电子承兑的处理，即需要提供充分证据支持您的主张）。
- 在电子承兑的情境下，可能需要提供票据信息截图、银行退回通知、交易合同、发票等证明票据真实性和交易背景的材料。
法律途径：
- 若沟通无果，且持票人认为自身权益受到侵害，可以考虑通过法律途径解决。可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能的结果。
- 在法律诉讼中，持票人需要证明其票据权利的完整性（在未丧失前）以及因对方过错导致票据无法承兑的事实。
风险防范：
- 在未来的交易中，持票人应加强对电子承兑汇票的管理和监控，确保在提示付款期限内及时提示付款，避免类似情况再次发生。
- 同时，可以考虑与交易对方在合同中明确约定电子承兑汇票的处理方式和责任分担机制，以降低风险。
综上所述，电子承兑退回后的处理需要综合考虑法律规定和实务操作。持票人应根据具体情况采取相应的措施，以维护自身权益。希望以上解答能对您有所帮助。如有任何进一步的问题或需要更具体的建议，请随时咨询。