宗教活动场所登记证不能作为公司的股东。以下从多个角度进行分析说明：
法律主体资格角度：
- 根据《公司法》及相关法律法规，公司的股东应当是具有民事权利能力和民事行为能力的自然人、法人或其他组织。宗教活动场所，虽然可能具有一定的组织形式和管理结构，但其本质并非为了从事营利性活动而设立，且其登记证主要表明其宗教活动的合法性，并不赋予其作为公司股东的主体资格。
- 宗教活动场所通常不具备法人资格（除非依法登记为宗教活动场所法人，但这种情况较为特殊且有限），而公司股东需要具备相应的民事权利能力和行为能力，能够独立承担民事责任。因此，从法律主体资格的角度来看，宗教活动场所登记证不能作为公司股东。
宗教事务管理角度：
- 根据《宗教事务条例》等相关规定，宗教活动场所应当按照其章程和规定进行活动，不得从事营利性活动。公司股东作为公司的出资人，享有公司利润分配等权益，这本质上是一种营利性行为。因此，将宗教活动场所登记证作为公司股东，可能违反宗教事务管理的相关规定。
- 宗教活动场所的主要目的是进行宗教活动、传播宗教教义等，而非参与商业经营。允许宗教活动场所作为公司股东，可能偏离其设立初衷，对宗教活动的正常开展产生不利影响。
实际操作与监管角度：
- 在实际操作中，工商行政管理部门在办理公司登记时，会严格审查股东的身份和资格。如果宗教活动场所试图以其登记证作为股东身份证明进行公司登记，很可能会因不符合相关规定而被拒绝。
- 即使宗教活动场所通过某种方式成为了公司股东，其在公司经营过程中的决策和监管也可能面临诸多困难。例如，宗教活动场所的决策机制可能与公司治理结构存在冲突，导致公司决策效率低下或产生内部矛盾。
建议与后果：
- 如果宗教活动场所有意参与商业活动或投资，可以考虑通过其他合法方式实现，如设立宗教慈善基金会（需符合相关法律法规和监管要求）或与其他合法主体合作进行投资等。
- 如果违反相关规定将宗教活动场所登记证作为公司股东，可能会面临工商行政管理部门等监管机构的处罚，包括但不限于罚款、责令改正、撤销登记等。同时，还可能对宗教活动场所的声誉和正常活动产生负面影响。
综上所述，从法律主体资格、宗教事务管理以及实际操作与监管等多个角度来看，宗教活动场所登记证都不能作为公司的股东。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。