若协议中被保险人不是车主而是公司，这种情况在法律和实务中是可行的，但需根据具体场景和目的来分析其影响及应对方式。以下分情况详细说明：
车辆为公司所有，但登记在个人名下，被保险人写公司
若车辆实际所有权属于公司（如公司购车后登记在员工或股东名下），但保险合同中被保险人写为公司，需注意：
- 保险利益原则：根据《保险法》第十二条，被保险人需对保险标的（车辆）具有保险利益。若公司能证明车辆实际归其所有（如购车合同、付款凭证、内部用车协议等），则被保险人写公司是合法的，保险合同有效。
- 理赔影响：若发生事故，公司作为被保险人可直接向保险公司索赔，但需提供车辆实际归属证明（如前述材料），否则可能因“保险利益争议”被拒赔。
- 建议：若车辆实际为公司所有，建议同步办理车辆过户至公司名下，或通过书面协议明确车辆归属，避免理赔纠纷。
车辆为个人所有，但被保险人写公司（如员工私车公用）
若车辆登记在个人名下，但公司作为被保险人投保（常见于员工私车公用场景），需注意：
- 保险利益问题：公司对员工个人车辆通常不具有直接保险利益（除非公司承担车辆使用中的全部风险，如签订《私车公用协议》并约定公司承担保险费用及事故责任）。若未明确约定，保险合同可能因“被保险人无保险利益”被认定无效。
- 理赔风险：若发生事故，保险公司可能以“被保险人非车辆所有权人”为由拒赔，或要求公司证明其对车辆具有保险利益（如提供《私车公用协议》、费用报销记录等）。
- 建议：若需公司作为被保险人，应签订书面《私车公用协议》，明确车辆使用范围、费用承担、事故责任等，并保留相关凭证（如加油费、过路费发票），以证明公司对车辆具有实际利益。
车辆为租赁或借用，被保险人写公司
若车辆为租赁或借用，公司作为被保险人投保（如租赁公司车辆用于业务），需注意：
- 租赁合同约定：若租赁合同明确约定“承租方（公司）作为被保险人投保”，且出租方同意，则保险合同有效。但需确保租赁合同中未限制承租方的投保权利。
- 理赔流程：若发生事故，公司作为被保险人可直接索赔，但需通知出租方并配合提供相关材料（如租赁合同、车辆行驶证等）。
- 建议：在租赁合同中明确约定投保义务及被保险人身份，避免因条款模糊导致理赔纠纷。
总结：被保险人非车主（个人）而是公司的情况是否合法、有效，关键在于公司是否对车辆具有保险利益。若车辆实际为公司所有、公司通过协议取得保险利益（如私车公用）、或租赁合同明确约定，则保险合同有效；否则可能面临拒赔风险。建议根据具体场景签订书面协议，明确权利义务，并保留相关凭证。若有进一步疑问，可直接向我咨询。