结论前置：车辆贷款未还完时转让给他人并由他人代还，双方签订了协议，若后续发生纠纷，是可以依据协议起诉的，但能否胜诉以及具体法律后果需根据协议内容、履行情况及相关法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、协议的法律效力
协议内容合法性：
- 若双方签订的协议内容合法，即不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方意思表示真实，则该协议具有法律效力。
- 例如，协议中明确约定了车辆转让的价格、代还贷款的金额、期限、违约责任等条款，且这些条款均符合法律规定，则协议有效。
协议形式要求：
- 协议的形式可以是书面形式，也可以是口头形式，但为了证明协议的存在及内容，建议采用书面形式。
- 若协议为书面形式，且双方签字或盖章确认，则更有利于证明协议的法律效力。
二、起诉的可行性
起诉条件：
- 若协议有效，且一方未按照协议约定履行义务，如未按时代还贷款或未支付转让款项等，则另一方有权依据协议向法院起诉。
- 起诉时需提供协议原件或复印件作为证据，以证明双方之间的权利义务关系。
诉讼主体：
- 起诉时，原告应为协议中的一方当事人，被告应为协议中的另一方当事人。
- 若车辆转让后，车辆登记证书上的车主已变更为受让人，但贷款仍由原车主（即转让方）名义承担，且双方约定由受让人代还贷款，则原车主（转让方）在受让人未履行代还义务时，有权起诉受让人。
三、可能面临的法律后果
胜诉后果：
- 若法院认定协议有效，且被告确实未按照协议约定履行义务，则法院会判决被告承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
- 若协议中约定了代还贷款的金额及期限，且被告未按时履行，则法院可能判决被告继续履行代还义务，并支付逾期利息等。
败诉后果：
- 若法院认定协议无效或部分无效，如因协议内容违法或违背公序良俗等原因，则原告可能无法依据协议获得法院支持。
- 若原告无法提供充分证据证明协议的存在及内容，或证据存在瑕疵，则也可能导致败诉。
四、建议与注意事项
签订详细协议：
- 在车辆转让并由他人代还贷款时，建议双方签订详细的书面协议，明确各自的权利义务关系、违约责任等条款。
- 协议中应包含车辆信息、转让价格、代还贷款的金额及期限、违约责任、争议解决方式等内容。
保留相关证据：
- 双方应保留好协议原件或复印件、转账记录、聊天记录等证据，以备不时之需。
- 若发生纠纷，这些证据将有助于证明双方之间的权利义务关系及违约情况。
及时履行义务：
- 双方应按照协议约定及时履行各自的义务，避免产生不必要的纠纷。
- 若一方确实无法履行义务，应及时与对方沟通协商，寻求解决方案。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。