结论：农村合法宅基地上用集装箱建房，一般不能确权。以下从多个角度进行分析说明：

1. 宅基地确权的基本原则：

   • 宅基地确权主要依据的是土地管理法和相关农村宅基地管理政策，其核心在于确认土地的使用权和房屋的所有权。确权通常要求房屋是固定在土地上的、具有永久性的建筑物，且符合当地的规划和建设要求。

2. 集装箱建房的性质：

   • 集装箱本身是一种可移动的、临时性的存储或运输工具，并非专门用于居住的建筑物。虽然集装箱可以被改造为居住空间，但其本质仍然是一种临时性、可移动的设施，不符合宅基地确权中对于房屋“固定性”和“永久性”的要求。

3. 相关法规与政策限制：

   • 根据现行法律法规和政策，宅基地上的房屋应当是按照规划要求建设的永久性建筑。集装箱建房由于不符合这一要求，因此在宅基地确权过程中通常不会被认可。此外，一些地方可能还有具体的规定，明确禁止或限制在宅基地上使用集装箱等临时性设施作为居住用途。

4. 实际操作中的考虑：

   • 在实际操作中，即使集装箱建房在某种程度上满足了居住需求，但由于其不符合宅基地确权的基本原则和相关法规要求，因此很难获得法律上的认可。此外，如果未经批准擅自使用集装箱建房，还可能面临被拆除、罚款等法律风险。

建议：

• 如果您计划在农村宅基地上建设房屋，建议遵循当地的规划和建设要求，选择符合规定的建筑材料和结构形式进行建设。
• 如果您对宅基地确权或相关法律法规有疑问，建议咨询当地土地管理部门或专业律师，以获取更准确、更权威的信息和建议。

如有其他法律问题，也可以直接向我咨询，我会结合您的具体情况，给出更详细的法律解答。