针对您提出的“三年后查出串通投标怎么办”的问题，这是一个涉及法律后果、处理流程以及时效问题的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律后果
民事责任：
- 中标无效：根据《中华人民共和国招标投标法》的相关规定，一旦串通投标行为被查实，无论时间过去多久，中标结果都将被认定为无效。
- 赔偿损失：串通投标方需要对其他因串通行为而受损的投标人承担赔偿责任，这包括但不限于投标成本、预期利润等直接和间接经济损失。
行政责任：
- 罚款：对参与串通投标的单位和个人，包括直接负责的主管人员和其他直接责任人员，将依法处以罚款，罚款金额根据中标项目金额的一定比例计算。
- 没收违法所得：如果串通投标行为产生了违法所得，这些所得将被依法没收。
- 取消投标资格：对于情节严重的串通投标行为，相关单位和个人可能被取消一至二年内参与依法必须进行招标的项目的投标资格，甚至可能面临营业执照被吊销的严厉处罚。
刑事责任：
- 如果串通投标行为情节特别严重，可能触犯《中华人民共和国刑法》中的串通投标罪，面临三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金的刑事处罚。
二、处理流程
调查核实：
- 一旦发现串通投标的线索，应由招标人、相关行政监督部门或其他利害关系人发起调查，通过收集证据、询问相关人员等方式，充分证明串通投标行为的存在。
作出处理决定：
- 招标人可以根据招标文件和相关法律法规的规定，宣布中标无效，并重新组织招标。
- 行政监督部门将依法对串通投标行为进行行政处罚，包括罚款、没收违法所得、取消投标资格等。
- 如果涉嫌犯罪，案件将被移送司法机关处理，由司法机关依法追究刑事责任。
三、时效问题
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，一般情况下，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。但是，对于串通投标这种可能产生严重危害后果的行为，可能适用更长的时效规定。
- 重要的是要明确，民事赔偿责任和刑事责任不受行政处罚时效的限制。即使行政处罚的时效已过，受损害方仍然可以通过民事诉讼要求赔偿，司法机关也可以依法追究刑事责任。
四、实际操作建议
- 如果您或您的单位涉及此类情况，建议积极配合相关部门的调查工作，如实提供相关信息和证据。
- 同时，您也有权依法维护自己的合法权益，包括通过法律途径寻求赔偿或申诉。
- 在处理此类问题时，建议咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保障。
综上所述，三年后查出串通投标是一个严肃的法律问题，需要依法进行全面、细致的处理。希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。