结论概述：以公司入股新公司后，原公司仍然有可能存在，且其相关文件在符合法律规定和公司章程的情况下仍然有效。以下从多个角度进行详细分析：

一、原公司入股新公司后的存在状态

1. 法律主体资格：

   • 原公司作为独立的法人实体，其存在与否并不直接受其入股新公司行为的影响。只要原公司未按照法定程序进行注销登记，其法律主体资格就依然存在。
   • 入股新公司只是原公司的一种投资行为，它改变了原公司的资产结构和股权结构，但并不直接导致原公司的解散或终止。

2. 公司章程与股东协议：

   • 原公司入股新公司时，通常会签订股东协议或修改新公司的章程，明确双方的权利和义务。这些协议和章程是约束双方行为的重要法律文件，但它们并不影响原公司的独立存在。
   • 如果原公司在新公司中持有股份，那么它将成为新公司的股东之一，享有股东权利并承担股东义务。

二、原公司相关文件的有效性

1. 合同与协议：

   • 原公司入股新公司前签订的各类合同和协议，如与供应商、客户、员工等签订的合同，只要这些合同和协议本身不违反法律法规的强制性规定，且未因特定原因（如合同到期、双方协商一致解除等）而终止，那么它们在原公司入股新公司后仍然有效。
   • 原公司入股新公司后，可能需要就某些合同和协议与新公司进行协商和调整，但这并不影响原合同和协议在调整前的有效性。

2. 公司章程与内部规章制度：

   • 原公司的章程和内部规章制度是其内部治理的重要依据。只要这些章程和规章制度不违反法律法规的强制性规定，且未因特定原因（如公司合并、分立、解散等）而失效，那么它们在原公司入股新公司后仍然有效。
   • 原公司入股新公司后，可能需要根据公司实际情况和股东协议的要求，对公司章程和内部规章制度进行相应的修改和完善。

三、可能涉及的特殊情况

1. 公司合并或分立：

   • 如果原公司入股新公司后，双方决定进行合并或分立，那么原公司的法律主体资格可能会受到影响。在这种情况下，需要按照法定程序进行合并或分立登记，并处理相关债权债务关系。
   • 合并或分立后，原公司的相关文件（如合同、协议、章程等）可能需要根据新的法律主体资格进行相应的调整和变更。

2. 公司解散或注销：

   • 如果原公司因各种原因（如经营不善、股东决议解散等）决定解散或注销，那么其法律主体资格将终止。在这种情况下，原公司的相关文件将失去法律效力。
   • 解散或注销前，原公司需要按照法定程序进行清算和注销登记，并处理相关债权债务关系。

四、法律建议

1. 审查合同与协议：

   • 在原公司入股新公司前，建议对原公司的所有合同和协议进行全面审查，确保它们不违反法律法规的强制性规定，并评估它们对入股行为的影响。

2. 修改公司章程与内部规章制度：

   • 根据入股新公司的实际情况和股东协议的要求，对原公司的章程和内部规章制度进行相应的修改和完善，以确保它们符合新的治理结构和业务需求。

3. 咨询专业律师：

   • 在入股新公司过程中，如果遇到任何法律问题或疑虑，建议及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和指导。不过，既然您已经向我咨询，我会尽我所能为您提供专业的法律帮助。

总结来说，以公司入股新公司后，原公司仍然有可能存在，且其相关文件在符合法律规定和公司章程的情况下仍然有效。但具体情形还需根据原公司入股新公司的具体方式、双方签订的协议以及相关法律法规的规定来综合判断。如果您有任何具体的法律问题或疑虑，欢迎随时向我咨询。