关于破坏耕作层所适用的《土地管理法》条款，主要涉及的是对耕地保护的法律规定，具体为《中华人民共和国土地管理法》第三十五条及第三十七条的相关规定。以下是对这两条法律条款的详细解释及适用情况分析：
《土地管理法》第三十五条：
- 条款内容：该条款明确规定了永久基本农田经依法划定后，任何单位和个人不得擅自占用或者改变其用途。国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目选址确实难以避让永久基本农田，涉及农用地转用或者土地征收的，必须经国务院批准。同时，禁止通过擅自调整县级土地利用总体规划、乡（镇）土地利用总体规划等方式规避永久基本农田农用地转用或者土地征收的审批。
- 适用情况：若破坏耕作层的行为涉及永久基本农田，且未经国务院批准擅自占用或改变其用途，或试图通过调整土地利用规划来规避审批，则直接违反了该条款的规定。
《土地管理法》第三十七条：
- 条款内容：该条款规定了非农业建设必须节约使用土地，可以利用荒地的，不得占用耕地；可以利用劣地的，不得占用好地。同时，禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，以及禁止占用永久基本农田发展林果业或者挖塘养鱼。
- 适用情况：破坏耕作层的行为，如擅自在耕地上挖砂、采石、采矿、取土等，或占用永久基本农田进行非农业建设（如发展林果业、挖塘养鱼等），均直接违反了该条款的规定。
法律后果与建议：
- 法律后果：违反上述条款规定的，将面临责令限期改正或者治理、恢复原种植条件，处以罚款；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。对于非法占用永久基本农田发展林果业或者挖塘养鱼的，还将由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正；逾期不改正的，按占用面积处耕地开垦费一定倍数的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 建议：若您或他人涉及破坏耕作层的行为，建议立即停止该行为，并尽快采取措施恢复耕作层或进行治理。同时，应咨询专业律师或相关政府部门，了解具体的法律责任及补救措施，以避免不必要的法律风险。
如有任何进一步的问题或需要更详细的法律解释，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更全面的法律建议。