在招标文件中，经核实存在没收投标保证金的情形，通常是由招标人或其委托的招标代理机构作出的决定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 招标人的角色与权力：

   • 招标人是整个招标活动的发起者和组织者，负责制定招标文件、发布招标公告、接收投标文件、组织开标、评标以及定标等环节。
   • 在招标文件中，招标人会明确规定投标保证金的缴纳、退还以及没收的条件和程序。一旦投标人出现违反招标文件规定的行为，如未按时提交投标文件、投标文件存在重大偏差、中标后拒绝签订合同等，招标人有权根据招标文件的规定没收其投标保证金。

2. 招标代理机构的角色与权力：

   • 在实际操作中，招标人可能会委托招标代理机构来具体执行招标活动。招标代理机构作为招标人的代理人，在招标人的授权范围内行事。
   • 如果招标文件中有明确规定，且招标人已授权招标代理机构在特定情况下可以没收投标保证金，那么招标代理机构在核实投标人存在违规行为后，也有权作出没收投标保证金的决定。但这一决定最终仍需得到招标人的确认或追认。

3. 决定作出的程序与依据：

   • 无论是招标人还是招标代理机构，在作出没收投标保证金的决定前，都必须严格依据招标文件的规定进行核实和判断。
   • 核实过程通常包括对投标文件的审查、对投标人行为的调查以及与相关方的沟通等。只有当确实存在招标文件规定的没收投标保证金的情形时，才能作出相应的决定。

4. 法律后果与救济途径：

   • 如果投标人认为招标人或招标代理机构作出的没收投标保证金的决定存在错误或不当之处，可以通过法律途径进行维权。
   • 投标人可以向招标人提出异议或申诉，要求重新审查并作出公正的决定。如果招标人拒绝或未能在规定时间内作出答复，投标人还可以向相关行政监督部门投诉或寻求法律援助。

建议：在实际操作中，招标人和招标代理机构应严格遵守招标文件的规定，确保没收投标保证金的决定合法、合规且公正。同时，投标人也应认真阅读招标文件，了解投标保证金的缴纳、退还以及没收的条件和程序，以避免不必要的损失。如果您在招标过程中遇到任何法律问题或疑问，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律意见和帮助。