结论：公司注销过程中更换法人但实际主体不变的情况下，员工是否会受到影响，这主要取决于公司注销的具体操作和后续安排。一般来说，如果公司合法注销且妥善处理了员工关系，员工不会受到太大影响；但如果注销过程中存在违法行为或未妥善处理员工关系，则员工可能会受到一定影响。以下从不同角度进行详细分析：
一、公司合法注销且妥善处理员工关系的情况
员工劳动合同的处理：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，公司注销前，应当与员工协商解除劳动合同或进行劳动合同的变更。如果公司能够按照法律规定支付经济补偿金或妥善安排员工的工作，那么员工的权益将得到保障，不会因公司注销而受到太大影响。
员工工资和福利的支付：
- 公司注销前，应当确保员工的工资、奖金、津贴、补贴等劳动报酬以及社会保险、福利待遇等得到足额支付。如果公司能够做到这一点，那么员工的经济利益将不会受到损害。
员工档案的转移：
- 公司注销后，员工的档案应当按照相关规定进行转移或妥善保管。如果公司能够妥善处理员工档案，那么员工在未来的求职、社保办理等方面将不会受到太大影响。
二、公司注销过程中存在违法行为或未妥善处理员工关系的情况
未支付经济补偿金或拖欠工资：
- 如果公司注销前未按照法律规定支付员工经济补偿金或拖欠员工工资，那么员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付相应的费用。这种情况下，员工虽然最终可能能够获得应有的权益，但过程可能会比较繁琐和耗时。
未妥善处理员工档案：
- 如果公司注销后未妥善处理员工档案，导致员工档案丢失或损坏，那么员工在未来的求职、社保办理等方面可能会遇到困难。这种情况下，员工可能需要花费更多的时间和精力去补办档案或证明自己的工作经历。
公司注销程序违法：
- 如果公司注销程序存在违法行为，如未依法进行清算、未通知债权人等，那么员工作为公司的利益相关者，可能会受到一定影响。例如，员工可能无法及时获得公司注销的信息，从而错过申请劳动仲裁或提起诉讼的时机。
三、实际主体不变对员工的影响
- 实际主体不变的含义：这里提到的“实际主体不变”可能指的是公司注销后，其业务、资产或人员等被另一家公司承接或收购。在这种情况下，如果承接或收购方能够妥善处理与原公司员工的关系，如继续履行原劳动合同、支付相应的劳动报酬等，那么员工受到的影响将相对较小。
- 潜在风险：然而，如果承接或收购方未能妥善处理与原公司员工的关系，或者存在其他违法行为，那么员工仍然可能受到一定影响。例如，承接方可能拒绝履行原劳动合同、拖欠员工工资等。
建议：
- 对于公司而言，在注销前应当充分评估注销对员工的影响，并制定妥善的安置方案。这包括与员工协商解除劳动合同、支付经济补偿金、妥善处理员工档案等。
- 对于员工而言，如果发现公司注销过程中存在违法行为或未妥善处理员工关系的情况，应当及时向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
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