结论：非法人员在店里搜出医疗器械是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及非法搜查行为和医疗器械管理规定两个方面。
一、非法搜查行为
非法搜查的定义：
- 非法搜查是指未经法定程序或未经权利人同意，擅自对他人身体、住宅、场所等进行搜查的行为。这种行为侵犯了他人的隐私权、住宅权等合法权益。
非法搜查的违法性：
- 如果所谓的“非法人员”未经合法授权（如没有搜查证、没有得到相关执法部门的委托或指示等），擅自进入店内进行搜查，并搜出了医疗器械，那么这种行为很可能构成非法搜查，是违法的。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法搜查他人身体、住宅，或者非法侵入他人住宅的，处三年以下有期徒刑或者拘役。虽然此条款直接针对的是身体和住宅的搜查，但非法搜查店铺等场所同样可能构成对他人合法权益的侵犯，并可能受到相应的行政处罚或民事赔偿。
二、医疗器械管理规定
医疗器械的合法性：
- 医疗器械的生产、经营、使用等都需要遵守相关的法律法规和规定。如果店内存放的医疗器械是合法购进、合法使用的，那么即使被非法搜查出来，也不应因此承担法律责任。
- 然而，如果店内存放的医疗器械存在非法来源（如走私、盗抢等）或未经批准擅自经营、使用等情况，那么店主或相关责任人可能会因违反医疗器械管理规定而受到处罚。
非法搜查与医疗器械违法性的关系：
- 非法搜查行为本身并不直接决定医疗器械的合法性。即使医疗器械是通过非法搜查被发现的，也不能直接推断出医疗器械本身存在违法问题。
- 但是，如果非法搜查行为导致了医疗器械的损坏、丢失或被非法使用等后果，那么搜查者可能需要承担相应的民事赔偿责任。
三、综合分析
- 如果非法搜查行为成立：无论店内存放的医疗器械是否合法，非法搜查行为本身都是违法的，搜查者可能面临刑事处罚或行政处罚。
- 如果医疗器械存在违法问题：店主或相关责任人需要承担因违反医疗器械管理规定而产生的法律责任，但这与非法搜查行为本身是两个独立的法律问题。
- 如果两者同时存在：即非法搜查行为发现了存在违法问题的医疗器械，那么搜查者和店主或相关责任人都可能需要承担相应的法律责任。
建议：
- 如果您遇到类似情况，首先应保持冷静，不要与非法搜查者发生冲突。
- 尽快记录下搜查的时间、地点、搜查者身份、搜查过程以及搜出的物品等信息，以便后续维权。
- 及时咨询专业律师（如我），了解您的合法权益和可能的法律途径，以便采取合适的措施维护自己的权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。