针对您提出的“销售已发生，买方因违反合同约定的条款，收取的违约金发票如何开具”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
在销售行为已经成立，且买方因违反合同约定条款而支付违约金的情况下，发票的开具需遵循以下原则和步骤：
一、理解违约金的性质
买方因违反合同约定而支付的违约金，在税务上通常被视为价外费用。这意味着，该违约金应并入销售额中，一并计算缴纳增值税。
二、发票开具的具体操作
合并开具：
- 您应在同一张发票中合并开具销售的货物或服务与违约金。这样做可以清晰地反映交易的全貌，也便于税务机关进行核查。
- 在发票上注明“含违约金”及具体金额，以便买方和税务机关明确识别。
税率填写：
- 税率应按照销售项目对应的税率进行填写。例如，如果您销售的是适用13%税率的货物，那么违约金部分也应按13%的税率计算。
发票类型选择：
- 根据买方的纳税人身份和抵扣条件，您可以选择开具增值税专用发票或增值税普通发票。如果买方是增值税一般纳税人且需要抵扣进项税额，那么应开具增值税专用发票。
三、合同条款的遵循
- 在开具发票前，务必回顾合同条款，确保违约金的支付方式、金额以及是否需要开具发票等事项已在合同中明确约定。
- 如果合同中有明确要求开具发票的规定，您应严格按照合同约定执行，以避免潜在的纠纷和法律风险。
四、税务处理的注意事项
- 违约金的税务处理可能因地区和具体税法而异。因此，在开具发票前，建议您咨询当地税务机构或专业税务顾问，以确定是否需要申报和纳税，以及具体的税务处理方式。
- 您应妥善保存与违约金相关的合同、协议、付款凭证等资料，以备税务机关检查核实。
五、特殊情况的处理
- 如果销售行为虽然已发生，但买方支付的违约金与销售行为无直接关联（如因买方个人原因解除合同而支付的违约金），则此类违约金可能不属于增值税应税范围。在这种情况下，您无需开具增值税发票，但应出具收款收据等收款凭证。
综上所述，销售已发生时，买方因违反合同约定条款而支付的违约金，在发票开具上需综合考虑违约金的性质、合同条款的约定以及税务处理的要求。在处理此类问题时，务必保持谨慎和合规性，以确保双方的合法权益不受损害。如有任何疑问或不确定之处，建议及时咨询当地税务机构或专业律师。