在诉讼过程中，如果被告公司注销，法院会根据具体情况采取不同的处理方式。以下是对此问题的详细解答：

一、公司注销的法律后果

1. 主体资格消灭：公司经过合法清算并办理注销登记后，其法人资格将终止，不再具备诉讼主体资格。若诉讼中公司作为被告被注销，需区分注销的合法性及时间点。

2. 权利义务承继：若公司未依法清算即注销，股东、董事等可能因对公司债务承担连带责任而成为新的诉讼主体。若存在权利义务承受人（如合并、分立后的存续公司），则应由其继续参与诉讼。

二、法院处理方式

1. 起诉前公司已注销：

   • 若在立案时发现被告公司已经注销且无权利义务承受人，法院将依据《民事诉讼法》的相关规定，裁定不予受理或驳回起诉。

2. 诉讼中公司注销：

   • 中止诉讼，通知当事人变更主体：若注销程序违法（如未经清算），法院可依据《公司法解释二》的相关规定，追加股东、董事等为共同被告。若存在权利义务承受人，法院应通知原告变更被告；若原告拒绝变更，则裁定驳回起诉。
   • 终结诉讼（无承继主体）：若公司合法注销且无法确定权利义务承受人，法院可裁定终结诉讼。

三、特殊情形的处理

1. 恶意注销逃避债务：

   • 若公司未经清算即注销，债权人可依据《公司法解释二》的相关规定，主张股东、实际控制人等承担连带清偿责任。例如，若丙公司欠丁公司货款，在诉讼中丙公司恶意注销，丁公司可追加股东为被告。

2. 简易注销程序的适用：

   • 若企业通过简易程序注销但未清偿债务，债权人仍可依据《市场主体登记管理条例》的相关规定，追究相关责任人责任。

四、原告的应对策略

1. 及时申请财产保全：

   • 发现被告有注销迹象时，应立即申请保全财产，以防止资产转移。

2. 调查注销合法性：

   • 核查公司是否完成清算程序、是否存在虚假注销行为，为后续追责提供依据。

3. 追加责任主体：

   • 若公司未经清算即注销，可申请追加股东、董事等为共同被告，以维护自身权益。

五、法律依据

• 《民法典》第68条：法人终止后，其权利义务由继受人享有和承担。
• 《公司法》第183-189条：规定了公司解散与清算程序。
• 《公司法解释二》第19-20条：明确了股东、董事对公司注销的责任。
• 《民事诉讼法》第154条：规定了诉讼终结的情形。

六、结论与建议

• 核心原则：公司注销导致诉讼主体灭失的，法院应根据是否有承继主体决定变更被告或终结诉讼。
• 实务建议：
  1. 原告在起诉前应核实被告公司的存续状态。
  2. 发现被告公司注销后，应及时申请财产保全并调查注销程序的合法性。
  3. 必要时，可追加股东、董事等为责任主体，以维护自身合法权益。

综上所述，处理被告在诉讼中注销公司的情况需综合考虑多个法律因素。债权人应积极采取措施维护自身权益，同时遵循法律法规和程序规定。