农村基本农田撂荒两年后，可能面临土地承包经营权收回、土地流转或复垦等处理方式，具体需结合地方政策及实际情况判断。以下从不同角度展开分析：

1. 土地承包经营权收回风险
   根据《农村土地承包法》第六十四条，承包方连续两年弃耕抛荒的，发包方（村集体）有权要求终止土地经营权流转合同，或直接收回土地承包经营权（若未流转）。但实践中，收回需满足法定程序：
   

• 村集体需提前通知承包方限期复耕；
  
• 承包方仍不履行的，村集体可报乡镇政府批准后收回；
  
• 收回后优先用于调整承包地或重新发包。
  建议：若您是承包方，撂荒后应主动与村集体沟通，说明原因并承诺复耕计划，避免权益受损。

1. 土地流转后的处理规则
   若撂荒土地已流转给第三方（如合作社、企业），根据《民法典》合同编，流转合同可能因“根本违约”被解除：
   

• 流转方未按约定使用土地（如长期撂荒），村集体或承包方可要求其恢复耕种或赔偿损失；
  
• 合同解除后，土地应返还承包方或由村集体重新安排。
  建议：流转方需严格履行合同义务，避免因撂荒承担违约责任；承包方可定期监督土地使用情况。

1. 复垦与利用的激励政策
   为鼓励耕地保护，部分地区出台了撂荒地复垦奖励措施：
   

• 财政补贴：对自愿复垦的承包方，按面积给予每亩数百元至千元的补贴；
  
• 基础设施支持：政府协助改善灌溉、道路等条件，降低复耕成本；
  
• 优先权保障：复垦后承包方可优先承租村集体其他闲置土地。
  建议：若您计划复耕，可向当地农业农村部门咨询具体政策，申请补贴或技术支持。

1. 长期撂荒的潜在法律后果
   除承包经营权收回外，撂荒还可能影响：
   

• 耕地地力保护补贴资格：部分地区规定，连续撂荒超1年的，暂停发放补贴；
  
• 信用记录：若因撂荒被行政处罚，可能影响个人或企业信用评级；
  
• 土地确权争议：撂荒期间若发生权属纠纷，可能增加维权难度。
  建议：定期关注土地状态，避免因疏忽导致权益受损。

总结：撂荒两年后，土地可能被收回、流转合同被解除，或通过复垦重新利用。具体处理方式需结合地方政策、合同约定及实际情况判断。若您涉及此类问题，可直接向我咨询，我会结合具体案例为您分析风险与应对策略。