核心结论：合作伙伴长期未开票，后面补开不一定算虚开，是否构成虚开需结合具体情形判断。以下从不同角度进行分析：
一、虚开发票的认定标准
根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关司法解释，虚开发票通常指的是以下三种行为：
- 为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票：这包括没有真实交易背景而开具发票，或者开具的发票金额、数量、品名等与实际交易不符。
- 让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票：即利用他人名义开具不符合实际交易情况的发票。
- 介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票：作为中间人，促成不符合实际交易情况的发票开具。
二、补开发票的情形分析
存在真实交易，仅因疏忽或管理问题未及时开票：
- 在这种情况下，如果后续补开了与实际交易情况相符的发票，且没有其他违法行为（如偷逃税款等），则一般不构成虚开发票。因为补开的发票是基于真实的交易背景，只是开具时间有所延迟。
不存在真实交易，或交易情况与补开发票不符：
- 如果补开的发票与实际交易情况不符，或者根本没有真实交易背景，而是为了某种目的（如虚增成本、偷逃税款等）而补开的发票，则可能构成虚开发票。这种行为违反了发票管理的规定，也可能触犯刑法中的虚开发票罪。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果构成虚开发票，根据情节的严重程度，可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得等）或刑事处罚（如有期徒刑、拘役等）。
建议：
- 对于合作伙伴长期未开票的情况，建议首先与对方沟通，确认是否存在真实交易，并要求对方尽快补开符合实际交易情况的发票。
- 如果对方拒绝补开或补开的发票与实际交易情况不符，应及时收集相关证据（如合同、付款记录、物流单据等），以证明交易的真实性，并考虑通过法律途径维护自己的权益。
- 同时，企业也应加强自身的发票管理，确保所有交易都及时、准确地开具发票，以避免不必要的法律风险。
总结：合作伙伴长期未开票，后面补开是否算虚开，需根据具体情形判断。如果存在真实交易且补开的发票与实际交易情况相符，则一般不构成虚开；如果不存在真实交易或交易情况与补开发票不符，则可能构成虚开。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。