在担保合同约定为三年的情况下，若债务人在第二年已全款还上债务，担保人通常不再承担责任。不过，具体是否承担责任还需结合担保合同的类型、保证期间的约定以及是否存在特殊情况等因素来综合判断。以下是对这些因素的详细分析：

一、担保合同的类型

担保合同主要分为一般保证和连带责任保证两种：

1. 一般保证：保证人仅对债务人不能履行的部分承担补充责任。若债务人在保证期间内已全额偿还债务，则保证人无需再承担任何责任。
2. 连带责任保证：保证人与债务人对债务承担连带责任，债权人可以要求债务人履行债务，也可以要求保证人在其保证范围内承担保证责任。但同样地，若债务人在保证期间内已全额偿还债务，保证人的责任也随之免除。

二、保证期间的约定

根据我国《民法典》的相关规定，债权人与保证人可以约定保证期间。若约定的保证期间超过三年，且债权人在约定的保证期间内未采取相应的法律行动（对于一般保证是提起诉讼或申请仲裁，对于连带责任保证是要求保证人承担保证责任），则担保人免责。但在此案例中，由于债务人在第二年已全额偿还债务，因此无论保证期间如何约定，担保人的责任都已因债务的清偿而免除。

三、特殊情况

尽管在大多数情况下，债务清偿后担保人不再承担责任，但仍需考虑是否存在特殊情况：

1. 诉讼时效中断：若在保证期间内或之后存在导致诉讼时效中断的法定事由（如债权人向担保人提出权利主张等），且该中断事由与债务清偿无关（实际上在债务已清偿的情况下，此类事由通常不会发生），则可能延长担保人的责任期限。但在此案例中，由于债务已清偿，因此诉讼时效中断的情况不适用。
2. 合同特殊约定：如果担保合同中明确约定了即使债务清偿，担保人仍需承担某些特定责任（如担保费用、违约金等），则担保人可能仍需根据合同约定承担相应责任。但这种情况较为罕见，且需具体查看合同条款来确定。

四、实践建议

在实际操作中，若您作为担保人或债权人，在担保合同签订及履行过程中，建议注意以下几点：

• 明确合同条款：在签订担保合同时，应明确约定保证期间、保证方式（一般保证或连带责任保证）以及担保人的具体责任范围等条款，以避免后续纠纷。
• 及时行使权利：作为债权人，若债务人未按时履行债务，应在保证期间内及时采取法律行动（如提起诉讼或申请仲裁、要求保证人承担责任等），以维护自身权益。
• 保留证据：在担保合同履行过程中，应妥善保留相关证据（如债务清偿凭证、担保合同文本等），以备不时之需。

综上所述，在担保合同约定为三年的情况下，若债务人在第二年已全款还上债务，担保人通常不再承担责任。但若存在特殊情况或合同特殊约定，则可能需根据具体情况来判断担保人是否仍需承担责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。