公司章程规定超三分之二董事通过是有效的，但具体需结合事项性质与公司章程的详细规定来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、公司自治与《公司法》的框架
公司自治权利：
- 《公司法》赋予了公司广泛的自治权利，允许公司通过制定公司章程来对公司内部治理事项进行具体规定。这种自治权利是公司灵活运营和适应市场变化的重要基础。
《公司法》的框架性规定：
- 对于董事会的决议通过比例，《公司法》并未设定统一的强制性标准，而是提供了一个框架性的规定。例如，通常要求董事会决议需获得全体董事的过半数同意，且会议应有过半数的董事出席方可有效。然而，对于特别重大事项，如修改公司章程、增加或减少注册资本等，可能需要更高比例的通过，如三分之二以上董事的同意。
二、三分之二以上通过比例的合法性与适用性
合法性：
- 公司章程中规定董事会决议需三分之二以上通过是合法的，因为这不违反《公司法》的强制性规定，也不违背公序良俗。公司章程作为公司治理的基本文件，可以在法律框架内对董事会决议的通过比例作出个性化的、更为严格的规定。
适用性：
- 这一规定通常适用于特别重大事项或需要更高决策稳定性的场景。例如，对于涉及公司战略方向、重大投资决策或高管任命等事项，公司可能希望通过设定更高的通过比例来确保决策的审慎性和代表性。
三、公司章程的具体规定与执行
明确性：
- 公司章程中的这一规定应当明确、具体，以便所有相关方都能清晰理解并遵守。例如，章程可以明确规定哪些事项需要三分之二以上董事通过，以及具体的表决程序和方式。
执行性：
- 在实际操作中，必须严格按照公司章程规定的程序进行表决和决策。这包括确保会议的出席人数符合要求、表决过程公开透明、以及及时记录和公布表决结果等。
四、可能的影响与风险
积极影响：
- 设定较高的通过比例可能有助于确保决策的代表性和稳定性，防止个别股东或少数派轻易控制董事会。这有助于维护公司的长期利益和股东的整体权益。
潜在风险：
- 然而，这也可能导致决策效率降低，特别是在意见分歧较大的情况下。过高的通过比例要求可能使得一些重要决策难以迅速作出，从而影响公司的运营效率和竞争力。
五、实际案例与操作建议
实际案例：
- 在实践中，许多公司都会在公司章程中设定不同事项的表决通过比例。例如，对于一般事项可能要求过半数董事通过，而对于特别重大事项则可能要求三分之二以上董事通过。这种分层设置有助于平衡决策效率和稳定性。
操作建议：
- 如果您正在制定或修改公司章程，建议根据公司的实际情况和治理需求来设定董事会决议的通过比例。同时，应确保这一规定明确、具体，并在实际操作中得到严格执行。此外，还可以考虑引入其他决策机制，如累积投票制等，以进一步保护中小股东的权益和增加其参与公司治理的机会。
总结来说，公司章程规定超三分之二董事通过是有效的，但具体需结合事项性质与公司章程的详细规定来判断。在实际操作中，应确保这一规定明确、具体，并得到严格执行，以平衡决策效率和稳定性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。