面对快递包裹被买家取走却申请仅退款，而买家又不承认的情况，作为卖家，你确实需要采取一系列有序且有效的步骤来维护自己的合法权益。以下是一个详细的处理指南：

一、初步沟通与证据保留

1. 与买家沟通：首先，尝试通过电商平台提供的聊天工具与买家进行沟通，了解其退款的具体原因。在沟通过程中，务必保持礼貌和专业，同时明确指出买家已经签收包裹的事实，并要求其修改退款申请或完成支付。

2. 保留证据：在沟通过程中，保留好所有聊天记录，这些记录是后续处理中的重要证据。同时，如果可能的话，也保留好快递的签收记录、物流信息等，以证明买家确实已经收到了货物。

二、向快递公司寻求协助

1. 联系快递客服：如果买家否认收到货物，你应立即联系快递公司，提供快递单号、买家信息及任何可能的证据（如签收记录、监控录像等），要求其协助调查。

2. 获取派送证明：快递公司会进行调查，并提供详细的派送证明，如派送底单、取件签收凭证等。这些证明将是你向电商平台投诉或采取法律途径的重要证据。

三、向电商平台投诉

1. 整理证据材料：收集并整理好所有能证明买家已收到货物的证据，包括快递物流签收记录、快递公司的调查结果、与买家的沟通记录等。

2. 发起投诉：登录电商平台的卖家后台，找到“投诉维权”或“交易纠纷”等相关板块，按照提示填写投诉原因，上传证据材料，并详细说明情况。

3. 配合平台调查：平台收到投诉后，会进行调查核实。在此期间，你要及时响应平台的要求，提供进一步的证据或说明情况，以便平台能够做出公正的处理。

四、考虑法律途径

1. 发送律师函：如果涉及金额较大，且其他途径均未能解决问题，你可以考虑委托律师起草并向买家发送律师函。律师函会告知买家其行为的违法性质和可能面临的法律后果，要求其纠正错误并支付货款或退还货物。

2. 提起诉讼：如果律师函未能解决问题，你可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，要准备好充分的证据材料，并遵循法律程序进行辩护。法院会根据事实和法律作出公正的判决。

五、预防措施

为了避免类似情况的再次发生，建议你采取以下预防措施：

1. 仔细核对买家信息：在发货前仔细核对买家的姓名、地址、联系电话等信息，确保无误后再进行发货。

2. 选择信誉良好的快递公司：与信誉良好、服务可靠的快递公司合作，可以降低包裹丢失或误派的风险。

3. 购买保险或保价服务：对于贵重物品，建议购买保险或保价服务，以便在包裹丢失或损坏时获得相应的赔偿。

综上所述，面对快递包裹被买家取走却申请仅退款的情况，你应保持冷静并采取有序的行动来维护自己的权益。通过沟通、投诉和法律途径等方式，你有可能追回损失并获得相应的赔偿。同时，采取有效的预防措施也可以降低类似风险的发生概率。