不能直接作为股东出资的特许经营权，主要指的是那些不满足特定条件的特许经营权。具体来说，虽然《公司法》等相关法律规定股东可以用货币、实物、知识产权、土地使用权等可用货币估价并可依法转让的非货币财产作价出资，但特许经营权因其特殊性质，并非所有都能直接作为出资。以下从几个关键角度进行分析：
可依法转让性：
- 特许经营权若因特许协议或其他法律限制而无法转让，则不能作为股东出资。例如，某些特许经营协议中可能明确规定了特许经营权不得转让或仅能在特定条件下转让，这样的特许经营权就不符合出资的基本前提。
合法所有且无权利瑕疵：
- 用作出资的特许经营权必须是股东合法所有，并且不存在任何权利争议或瑕疵。如果特许经营权存在权属纠纷或法律限制，如被查封、冻结等，那么它也不能作为有效的出资。
价值可评估性：
- 特许经营权的价值评估可能较为复杂，但必须确保其价值能够经过专业评估机构的确认。如果无法准确评估其价值，或者评估价值存在争议，那么这样的特许经营权也不适合作为出资。因为出资的财产必须能够真实反映其价值，以确保公司资本的充实和股东权益的保障。
实际操作中的限制：
- 即便特许经营权满足了上述条件，实际操作中还可能面临其他限制。例如，特许经营权的转让可能需要经过特许人的同意，或者需要满足特定的程序要求。这些限制可能使得特许经营权作为出资的可行性降低。
法律建议：
- 在考虑将特许经营权作为股东出资时，务必进行充分的法律尽职调查，确保特许经营权满足可依法转让、合法所有且无权利瑕疵、价值可评估等条件。
- 同时，建议寻求专业律师的帮助，以确保整个出资过程的合规性、安全性和可操作性。律师可以协助评估特许经营权的法律风险，提供法律意见，并协助办理相关的财产权转移手续。
可能的法律后果：
- 如果特许经营权不满足上述条件而被用作出资，可能导致出资无效或引发法律纠纷。这不仅会对公司和其他股东造成不利影响，还可能对出资股东本人承担法律责任。
综上所述，不能直接作为股东出资的特许经营权主要是那些不满足可依法转让性、合法所有且无权利瑕疵、价值可评估性等条件的特许经营权。在进行此类出资时，务必谨慎操作，并寻求专业律师的帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。