结论：手术做了几年后发现医院有问题，是否可以起诉取决于多个因素，包括诉讼时效、证据的保存情况以及医院过错的具体性质等。以下是对这些因素的详细分析：

一、诉讼时效

根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。然而，在医疗纠纷中，由于患者可能因医疗行为的复杂性而难以立即发现损害后果，或者损害后果可能在多年后才显现，因此存在诉讼时效的特殊规定。

• 特殊情况下的诉讼时效：如果患者在手术多年后才发现医院存在问题，且该问题与手术直接相关，且患者能够证明其在发现损害后果后及时采取了法律行动，那么法院可能会根据具体情况对诉讼时效进行适当延长。但这一延长并非无限制，仍需在合理范围内。

二、证据的保存情况

在医疗纠纷中，证据的保存至关重要。患者需要提供充分的证据来证明医院存在过错，且该过错与患者的损害后果之间存在因果关系。

• 医疗记录：患者应尽可能保存与手术相关的所有医疗记录，包括病历、手术记录、检查报告等。这些记录是证明医院过错和因果关系的关键证据。
• 证人证言：如果可能，患者还可以寻找当时参与手术的医护人员或其他知情人士作为证人，提供证言来支持其主张。
• 专家鉴定：在医疗纠纷中，专家鉴定往往具有决定性作用。患者可以委托专业的医疗鉴定机构对医院的医疗行为进行鉴定，以确定医院是否存在过错以及过错与损害后果之间的因果关系。

三、医院过错的具体性质

医院过错的具体性质也会影响患者是否可以起诉以及起诉的成功率。

• 明显过错：如果医院在手术过程中存在明显的过错，如操作失误、违反诊疗规范等，且该过错直接导致了患者的损害后果，那么患者起诉的成功率会相对较高。
• 潜在过错：如果医院的过错较为隐蔽或难以直接证明，如手术方案选择不当但未直接导致明显损害后果，那么患者起诉的难度会相对较大。在这种情况下，患者需要提供更充分的证据来证明医院的过错以及过错与损害后果之间的因果关系。

四、建议与行动

1. 及时咨询专业律师：如果您在手术多年后发现医院存在问题，建议及时咨询专业律师，了解您的法律权利和可能的诉讼途径。
2. 收集并保存证据：尽可能收集并保存与手术相关的所有医疗记录、证人证言等证据，以便在需要时提供给法院或鉴定机构。
3. 考虑专家鉴定：如果可能，委托专业的医疗鉴定机构对医院的医疗行为进行鉴定，以确定医院是否存在过错以及过错与损害后果之间的因果关系。

最后，手术做了几年后发现医院有问题是否可以起诉，取决于多个因素的综合考量。如果您面临此类情况，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更详细的法律建议。