在民事判决书出来时被告主体已经注销的情况下，处理方式需根据被告注销的具体情形及时间节点来综合判断，以下分情况讨论：

1. 被告在诉讼过程中注销，但判决书尚未作出

   • 法律背景：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第六十四条：“企业法人解散的，依法清算并注销前，以该企业法人为当事人；未依法清算即被注销的，，以该企业法人的股东、发起人或者出资人为当事人。”若被告在诉讼过程中注销，但尚未完成清算程序，则诉讼应继续进行，被告主体仍为原企业法人（若其清算组织存在且能代表原企业法人参与诉讼）或其股东、发起人、出资人（若原企业法人未依法清算即被注销）。
   • 建议：此时，应向法院说明被告注销的情况，并请求法院根据上述规定变更诉讼主体，继续审理案件。

2. 被告在判决书作出后，执行程序开始前注销

   • 法律背景：若被告在判决书作出后，执行程序开始前注销，且未依法清算，则根据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》第二十一条：“作为被执行人的公司，未经清算即办理注销登记，导致公司无法进行清算，申请执行人申请变更、追加有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东为被执行人，对公司债务承担连带清偿责任的，人民法院应予支持。”
   • 建议：在此情况下，应向执行法院申请变更、追加被告的股东、发起人或出资人为被执行人，要求其对公司债务承担连带清偿责任。

3. 被告在执行过程中注销

   • 法律背景：若被告在执行过程中注销，且存在未依法清算的情形，同样适用上述《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》第二十一条的规定。此外，若被告注销时已依法清算，但清算财产不足以清偿债务，且存在清算义务人（如股东、董事等）未履行清算义务导致公司财产贬值、流失、毁损或灭失的情形，申请执行人亦可依据相关规定申请变更、追加清算义务人为被执行人。
   • 建议：应首先查明被告注销时的清算情况，若存在未依法清算或清算义务人未履行清算义务的情形，可向执行法院申请变更、追加相关责任人为被执行人。

特殊情况处理：

• 若被告为非法人组织（如个人独资企业、合伙企业等）：其注销后的责任承担问题可能依据其组织形式及法律规定有所不同。例如，个人独资企业注销后，其投资人需对企业债务承担无限责任；合伙企业注销后，普通合伙人需对合伙企业债务承担无限连带责任。
• 若被告注销时存在恶意逃避债务的情形：可依据相关法律规定，向法院申请撤销被告的注销行为，或追究相关责任人的法律责任。

后续行动建议：

• 收集证据：收集被告注销的相关证据，如注销登记公告、清算报告（如有）、股东会决议等，以证明被告注销的事实及注销时的财产状况。
• 咨询专业律师：针对具体情况，咨询专业律师以制定合适的法律策略，确保自身权益得到有效维护。

可能面临的法律后果：

• 若未能及时变更、追加被执行人，可能导致执行程序受阻，无法有效实现债权。
• 若被告注销时存在恶意逃避债务的情形，可能面临法律制裁，如罚款、拘留等，同时相关责任人亦可能需承担法律责任。

总结：在民事判决书出来时被告主体已经注销的情况下，应根据被告注销的具体情形及时间节点，结合相关法律规定，采取合适的法律措施以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。