公章是真的但签字是假的，这样的协议在法律上的效力并非绝对，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
协议可能无效的情况：
- 如果签字人并未获得合法授权，且相对方（即协议的另一方）明知或应当知道签字是假的，或者双方存在恶意串通等情形，那么该协议可能因缺乏真实的意思表示而被认定为无效。这是因为，真实的签字是确认合同双方真实意愿的重要方式，假签字无法体现签字人的真实意愿，因此协议可能不具备法律效力。
协议可能有效的情况：
- 表见代理：尽管签字是假的，但如果相对方有理由相信签字人有代理权，即构成表见代理，那么该协议仍然可能有效。这通常发生在签字人长期以被代理人名义进行业务往来，且相对方基于以往的交易习惯和签字人的身份，有理由相信其有代理权的情况下。例如，公司员工长期使用公司公章与某客户进行业务往来，某次员工私自使用假签字与客户签订新协议，但客户基于以往的交易习惯和员工的身份，有理由相信员工有代理权，且对此并不知情也无过失，那么该协议可能被视为有效。
- 被代理人追认：如果被代理人（即公章所属的公司或组织）对使用假签字的协议进行追认，即明确表示同意该协议的内容并愿意承担相应的责任，那么该协议也会自始有效。例如，甲用假签字以乙公司的名义与丙公司签订了协议，乙公司得知后，考虑到该协议对自己有利，便对该协议进行了追认，此时该协议将具备法律效力。
法律后果与建议：
- 法律后果：如果协议被认定为无效，那么当事人应返还因该协议取得的财产；无法返还的，应折价补偿。同时，对协议无效有过错的一方，还应赔偿对方因此所受到的损失。此外，如果签字行为涉及伪造公文等违法行为，还可能面临相应的法律责任。
- 建议：为避免潜在的法律风险，建议在签订协议时务必核实对方签字的真实性，并查验对方的资质和信誉。对于涉及重要利益的协议，建议进行法律审查和风险评估。如果发现协议中存在假签字等违法情形，应及时采取措施维护自己的合法权益。
综上所述，公章是真的但签字是假的协议在法律上的效力并非绝对，而是需要根据具体情况来判断。如果您遇到此类问题或对此有进一步的疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。