当招标公司和甲方对质疑的答复不一致时，你可以按照以下步骤来处理：

1. 明确质疑内容与答复差异：

   • 首先，你需要详细梳理并明确自己提出的质疑内容，以及招标公司和甲方分别给出的答复。
   • 对比两者的答复，找出其中的差异点，这些差异点可能是理解上的分歧，也可能是事实认定上的不同。

2. 分析差异原因：

   • 尝试从多个角度分析差异产生的原因。例如，可能是招标公司和甲方对招标文件的理解不同，或者是对相关法律法规的适用有分歧。
   • 也有可能是招标过程中存在信息不对称或沟通不畅的情况，导致双方对同一问题的看法不一致。

3. 寻求进一步沟通：

   • 在明确差异和原因后，你可以尝试与招标公司和甲方进行进一步的沟通，以寻求更明确的解释和统一的答复。
   • 沟通时，可以提出自己的疑问和依据，要求对方给出更详细的解释和说明，以便更好地理解对方的立场和观点。

4. 依据法律法规和招标文件处理：

   • 如果沟通无果，或者你认为招标公司和甲方的答复存在违法违规或违反招标文件规定的情况，你可以依据相关法律法规和招标文件的规定来处理。
   • 例如，你可以向招标人提出书面异议，要求招标人按照法律法规和招标文件的规定进行答复和处理。
   • 如果招标人未在规定时间内作出答复，或者答复不满意，你还可以向有关行政监督部门投诉，寻求行政救济。

5. 考虑法律途径：

   • 如果上述方法均无法解决问题，且你认为自己的权益受到了侵害，你可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
   • 例如，你可以向法院提起诉讼，要求招标公司和甲方承担相应的法律责任。在诉讼过程中，你需要提供充分的证据来支持自己的主张，并遵循法院的审理程序和判决结果。

在处理此类问题时，你还需要注意以下几点：

• 保留证据：在质疑、沟通、投诉或诉讼过程中，你需要保留好所有相关的证据材料，如质疑函、答复函、沟通记录、投诉材料等。这些证据材料将是你维护自己权益的重要依据。
• 了解法律法规：你需要对相关的法律法规和招标文件有深入的了解和熟悉，以便更好地运用它们来维护自己的权益。
• 寻求专业帮助：如果你对法律问题不太熟悉或处理起来感到困难，你可以寻求专业律师的帮助。律师将能够为你提供专业的法律意见和帮助，使你更好地处理此类问题。

最后，如果你在处理此类问题时遇到任何疑问或困难，可以直接向我咨询。我作为一名专业律师，专注于合同纠纷、刑事辩护领域，将能够为你提供全面、专业的法律帮助。