刑事案件的负责机关主要是公安机关，但在特定情况下，其他机关也拥有相应的权力。以下是对这一问题的详细阐述：
公安机关：
- 主要职责：公安机关是刑事案件侦查、拘留、执行逮捕和预审的主要机关。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关负责对刑事案件的立案、侦查工作，包括现场勘查、收集证据、询问证人、讯问犯罪嫌疑人等，以查明案件事实。对符合拘留条件的现行犯或重大嫌疑分子可以先行拘留，对符合逮捕条件的犯罪嫌疑人执行逮捕。侦查终结后，将案件移送人民检察院审查起诉。
- 特定情形：在特定情况下，如军队内部发生的刑事案件，由军队保卫部门负责侦查；国家安全机关则负责侦查危害国家安全的刑事案件。但这些机关在行使侦查权时，仍需遵循《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定。
人民检察院：
- 监督与审查：人民检察院对公安机关的侦查活动进行监督，确保法律的正确实施。同时，审查公安机关移送的案件，包括证据的确实性、充分性以及犯罪嫌疑人的行为是否构成犯罪等。
- 提起公诉：对于符合起诉条件的刑事案件，人民检察院向人民法院提起公诉，代表国家指控犯罪嫌疑人的犯罪行为。对于证据不充分的案件，可以要求公安机关补充侦查或建议撤销案件。
- 特定侦查权：人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民检察院立案侦查。对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。
其他机关：
- 国家安全机关：依照法律规定，办理危害国家安全的刑事案件，行使与公安机关相同的职权。
- 军队保卫部门：对军队内部发生的刑事案件行使侦查权。
- 中国海警局：在履行海上维权执法职责时，对海上发生的刑事案件行使侦查权。
- 监狱：对罪犯在监狱内犯罪的案件进行侦查，并在其职责范围内对相应刑事案件具有部分上述权力。
各机关之间的协作与监督：
在刑事诉讼中，公安机关、人民检察院和人民法院各自承担着不同的职责，但相互之间又存在紧密的协作与监督机制。公安机关负责案件的初步侦查和取证工作；人民检察院对公安机关的侦查活动进行监督，并确保侦查活动的合法性和公正性；人民法院则负责审判工作，对刑事案件进行审理并作出判决。这种分工合作、相互制约的机制有助于确保刑事案件的公正、高效处理。
法律依据：
- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第三条：对刑事案件的侦查、拘留、执行逮捕、预审，由公安机关负责。检察、批准逮捕、检察机关直接受理的案件的侦查、提起公诉，由人民检察院负责。审判由人民法院负责。除法律特别规定的以外，其他任何机关、团体和个人都无权行使这些权力。
- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第十九条：刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民检察院立案侦查。对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。自诉案件，由人民法院直接受理。
综上所述，刑事案件的负责机关主要是公安机关，但在特定情况下，人民检察院、国家安全机关、军队保卫部门、中国海警局及监狱等机关也拥有相应的权力。各机关之间通过协作与监督机制共同确保刑事案件的合法、公正处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。