政府租用集装箱用于商业经营是否合法，需分情况讨论，具体如下：
政府作为承租人，合法租用集装箱用于合法商业经营
- 合法性分析：政府作为行政机关，在履行职责或提供公共服务过程中，若因实际需要（如临时办公、应急物资存储、公共服务点设置等），通过合法程序（如公开招标、竞争性谈判等）租用集装箱，并用于合法商业经营（如开设临时便民服务点、合法合规的商品销售等），且经营行为符合相关法律法规（如市场监管、税务登记等要求），则该行为合法。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于租赁合同的规定，政府作为民事主体，有权与其他民事主体（如集装箱所有者）签订租赁合同，只要合同内容合法、双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，该租赁行为即受法律保护。
政府租用集装箱用于非法商业经营或超越职权范围
- 非法性分析：若政府租用集装箱后，用于非法商业经营（如销售假冒伪劣商品、进行非法集资等），或超越其职权范围进行经营（如未经批准擅自开展特定行业的经营活动），则该行为违法。此外，若政府在租用过程中存在违规操作（如未通过合法程序租用、未签订书面租赁合同等），也可能构成违法或违规。
- 法律后果：对于非法商业经营行为，政府可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得等），甚至可能承担刑事责任（如构成非法经营罪等）。对于超越职权范围的经营行为，政府可能面临上级机关的责令改正、通报批评等行政处分。
特殊情况：政府为特定目的（如应急、公益）租用集装箱
- 特殊性分析：在特定情况下（如自然灾害、公共卫生事件等），政府为应急或公益目的租用集装箱，并用于相关活动（如临时医疗点、物资储备点等），即使这些活动可能涉及一定的商业元素（如接受捐赠物资的销售等），但只要其目的合法、程序合规，且符合相关法律法规的规定，通常视为合法行为。
- 建议：在此类情况下，政府应确保租用行为的合法性和合规性，及时公开相关信息，接受社会监督，以避免不必要的法律风险。
总结与建议：
- 政府租用集装箱用于商业经营是否合法，取决于其租用目的、经营行为是否合法合规以及是否符合相关法律法规的规定。
- 若您或他人遇到类似情况，建议首先核实政府的租用目的和经营行为是否合法合规，如有疑问或发现违法行为，可及时向相关部门举报或寻求法律帮助。
- 如有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我将根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。