在撤销农村承包土地确权登记的案件中，被告的确定主要取决于具体情形和撤销请求的提出方。以下是对此问题的详细分析：

1. 若撤销请求由村民个人或相关权益人提出：

   • 被告通常为作出确权登记的行政机关：在农村承包土地确权登记过程中，行政机关（如乡镇政府或县级土地管理部门）负责具体的登记工作。如果村民个人或相关权益人认为确权登记存在错误或不当，他们可以向法院提起行政诉讼，要求撤销该登记。在此情况下，作出确权登记的行政机关即为被告。

2. 若撤销请求由村集体经济组织或村委会提出：

   • 被告可能为具体负责登记的行政机关或相关责任人：当村集体经济组织或村委会认为确权登记侵犯了集体利益或存在错误时，它们也可以作为原告提起诉讼。此时，被告同样可能是作出确权登记的行政机关。如果错误是由于具体工作人员的失误或故意行为导致的，且该行为构成了行政违法或侵权，那么相关责任人也可能成为共同被告或单独被告。

3. 特殊情况下的被告确定：

   • 若涉及多方争议或复杂情况：在某些情况下，撤销农村承包土地确权登记的案件可能涉及多方争议或复杂情况。例如，可能存在多个行政机关共同作出确权登记、登记过程中存在程序违法或实体错误、以及涉及第三方权益等。在这些情况下，被告的确定可能需要根据具体案情和法律规定进行综合分析。
   • 可能涉及多个被告：在复杂案件中，可能存在多个被告，包括作出确权登记的行政机关、相关责任人以及可能涉及的其他第三方。法院将根据各方在确权登记过程中的行为和责任来确定具体的被告。

法律建议：

• 在提起撤销农村承包土地确权登记的诉讼前，建议先咨询专业律师，对案件进行全面评估和分析。
• 收集并整理相关证据材料，包括确权登记证书、相关行政机关的决定或通知、以及能够证明确权登记错误或不当的其他证据。
• 根据具体案情和法律规定，确定合适的被告和诉讼请求，并依法向法院提起诉讼。

可能法律后果：

• 如果法院认定确权登记存在错误或不当，且符合撤销条件，那么法院将判决撤销该确权登记。
• 如果法院认定确权登记合法有效，或者撤销请求不符合法律规定，那么法院将驳回原告的诉讼请求。

在处理此类案件时，务必确保所有行为均符合法律规定，并遵循法定程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。